Curriculum Vitae

Životopis

Identifikace osoby

• Prof. RNDr. Luděk Matyska, CSc., narozen 5. září 1959 v Brně, Československo. Ženatý, 3 děti

Pracoviště

• Ústav výpočetní techniky
  a Fakulta informatiky
  Botanická 68a
  602 00 Brno
  Česká republika
  též
  CESNET, z.s.p.o.
  Zikova 4
  162 00 Praha
  Česká republika

Funkce na pracovišti

• profesor
  ředitel Centra CERIT-SC
  vedoucí výzkumný pracovník sdružení CESNET

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2009: Profesor v oboru Informatika
• 1998: Doc. Informatiky, habilitační práce "Praktické logické programování", Fakulta informatiky MU;
• 1994: CSc. Chemická fyzika, Slovenská technická univerzita Bratislava, Slovensko, práce "Rozšířený synthonový model organické chemie";
• 1992: Vědecká hodnost IIa;
• 1983: RNDr. Biochemie, Přírodovědecká fakulta UJEP Brno, práce "Použití Stop-Flow metod pro studium interakcí".

Přehled zaměstnání

• 2009 - : Profesor, Ústav výpočetní techniky a Fakulta informatiky, Masarykova univerzita
• 2013 - 2022: Ředitel, Ústav výpočetní techniky MU
• 2012: Vedoucí katedry počítačových systémů a komunikací, FI MU
• 2011 - : Ředitel Centra CERIT-SC
• 2004 - 2012: Zástupce ředitele Ústavu výpočetní techniky, Masarykova univerzita Brno
• 1998 - 2004: Děkan Fakulty informatiky Masarykovy univerzity
• 1998 - 2009: Docent, Fakulta informatiky, Masarykova univerzita
• 1998 - : Vedoucí vědecký pracovník, CESNET
• 1994 - 2010: Vedoucí superpočítačového centra, Masarykova univerzita
• 1994 - 1998: Zástupce ředitele Ústavu výpočetní techniky, Masarykova univerzita
• 1994 - 1998: Odborný asistent, Fakulta Informatiky, Masarykova univerzita
• 1991 - 1994: vedoucí oddělení výzkumu, ÚVT MU
• 1989 - 1991: samostatný výzkumný pracovník, ÚVT MU
• 1984 - 1988: výzkumný pracovník, Ústav čistých chemikálií, Lachema, Brno

Pedagogická činnost

• Počítačové sítě a jejich aplikace
  Architektura bezpečných počítačových sítí
  Superpočítače, Architektura superpočítačů, distribuované systémy
  5 aktivních studentů, 18 absolventů PhD studia

Vědeckovýzkumná činnost

• Vysokorychlostní sítě a superpočítače (high performance networking and computing), distribuovaná výpočetní prostředí, bezpečnost v rozsáhlých distribuovaných systémech, akcelerace a optimalizace;
  Multimédia, jejich zpracování a přenos v počítačových sítích, využití ve výuce.

Akademické stáže

• 2007: Academia Sinica Grid Computing, Taipei, Taiwan, týdenní zvaný pobyt
• 2004: CCT LSU, Baton Rouge, Louisiana, USA, dvoutýdenní zvaný pobyt
• 1997: červenec, měsíční expertní stáž v SICS, Stockholm, Švédsko
• 1997: leden, třítýdenní expertní stáž v SICS, Stockholm, Švédsko
• 1993: srpen--říjen, tříměsíční stáž na Department of Computer Science, School of Informatics, City University, Londýn, Velká Británie
• 1993: březen--duben, dvouměsíční stáž na University of Tennessee, Knoxwille, TN, USA
• 1992: duben--květen, dvouměsíční stáž na INSA Lyon, Francie
• 1992: leden, týdenní stáž na Univesité de Burgogne, Dijon, Francie.

Universitní aktivity a členství ve vědeckých radách

• 2012 -: člen vědecké rady Moravské zemské knihovny
• 2005 - 2017: člen vědecké rady Národní knihovny ČR
• 2000 - 2005: člen vědecké rady Přírodovědecké fakulty, Ostravská univerzita
• 1999 - 2012: člen vědecké rady Fakulty aplikovaných věd, ZČU Plzeň
• 2000 -: člen vědecké rady Fakulty informačních technologií, VUT Brno
• 2011 - 2019: člen vědecké rady FI MU
• 2006 - 2014: člen akademického senátu MU
• 2006 - 2014: člen akademického senátu FI MU
• 1998 - 2004: člen vědecké rady MU, Brno
• 1998 - 2007: člen (do roku 2004 předseda) vědecké rady FI MU Brno
• 1997 - 1998: místopředseda Akademického senátu MU, Brno
• 1995 - 1998: předseda Akademického senátu FI MU
• 1994 - 1998: člen Akademického senátu FI MU
• 1990 - 1998: člen Akademického senátu MU, Brno

Projekty

• 2019--2022: vedoucí české části projektu EOSC-SYNERGY, člen vedení projektu (H2020)
• 2019--2023: vedoucí české části projektu EOSC-Life, člen vedení projektu (H2020)
• 2018--2020: vedoucí české části projektu EOSC-Hub, člen vedení projektu (H2020)
• 2017--2020: vedoucí české části projektu DEEP-HybridDataCloud, člen vedení projektu (H2020)
• 2015--2019: vedoucí české části projektu ELIXIR-EXCELERATE, člen vedení projektu (H2020)
• 2015--2017: vedoucí české části projektu INDIGO-DataCloud, člen vedení projektu (H2020)
• 2015--2017: vedoucí české části projektu EGI ENGAGE, člen vedení projektu (H2020)
• 2012--2015: vedoucí české části projektu CHAIN-REDS, člen vedení projektu (7RP EU)
• 2010--2012: vedoucí české části projektu CHAIN, člen vedení projektu (7RP EU)
• 2010--2013: vedoucí české části projektu EMI (European Middleware Initiative, 7RP EU)
• 2010--2014: vedoucí české části projektu EGI InSPIRE, člen (jedno funkční období předseda) Project Management Board, zástupce skupiny zemí střední Evropy (7RP EU)
• 2008--2010: vedoucí české části, člen vedení projektu EUAsiaGrid (7RP EU)
• 2007--2009: člen vedení a od roku 2008 koordinátor projektu EGI_DS (European Grid Initiative Design Study, 7RP EU)
• 2004--2008: vedoucí české části sítě excelence "CoreGrid" (6FP EU, hlavní řešitel ERCIM)
• 2004--2010: vedoucí české části projektů "EGEE" (I až III, 6FP a 7RP EU, hlavní řešitel CERN; v případě projektů EGEE II a EGEE III člen (jedno funkční období předseda) Project Management Board, zástupce zemí středoevropského regionu;
• 2004--2010: zástupce hlavního řešitele výzkumného záměru "Optická síť národního výzkumu a její aplikace", nositelem sdružení CESNET, z.s.p.o.
• 2001--2005: vedoucí české části projektu "GridLab" (5FP EU, hlavní řešitel PSNC Poznaň, Polsko)
• 2000--2003: vedoucí české části (Associated Contractor) projektu "Datagrid" (5FP EU, hlavní řešitel CERN)
• 1999--2003: zástupce hlavního řešitele výzkumného záměru "Vysokorychlostní sítě a jejich aplikace", nositelem sdružení CESNET, z.s.p.o.
• 1998--2000: hlavní řešitel projektu "SCB-MU -- rozšíření superpočítačového centra Brno" programu Infra2 MŠMT (projekt LB98272)
• 1998--2003: spoluřešitel komplexního projektu Grantové agentury ČR "Laboratoř interakcí člověka s počítačem -- HCILAB" (projekt 201/98/K041)
• 1996--1998: hlavní řešitel projekt programu TEN-34 CZ "MetaCentrum -- prostředí pro rozsáhlé distribuované výpočty" (ID96013)
• 1996--1998: spoluřešitel projektu programu TEN-34 CZ "Vysokorychlostní síť TEN-34 CZ" (hlavní řešitel CESNET, z.s.p.o, ID96001)
• 1996: hlavní řešitel projekt Fondu rozvoje VŠ "Superpočítačová centra vysokých škol ČR"
• 1995--1997: spoluřešitel projektu INFRA MŠMT "Brněnská akademická počítačová síť"
• 1994,1995: koordinátor pilotního projektu "Rozvoj využití superpočítačových technologií na vysokých školách v ČR" Fondu rozvoje VŠ
• 1994--1996: spoluřešitel projektu Grantové agentury ČR ("Počítačové studium konformačního chování biologicky zajímavých molekul")
• 1994: hlavní řešitel projektu Grantové agentury ČR ("Vývoj a implementace paralelních algoritmů s aplikacemi v počítačové chemii")
• 1991, 1992: IBM Akademická iniciativa (ČSFR 1990)

Členství v programových výborech (výběr)

• 2015-: předseda programového výboru konference ISGC
• 2013-2014: předseda EGI Council, předseda správní rady EGI.eu
• 2012: předseda organizačního a člen programového výboru EGI TF 2012
• 2010: předseda programového výboru MEMICS10
• 2008: předseda programového výboru CESNET08
• 1999-2000: předseda programového výboru konferecní Rufis'99 a Rufis'2000
• 1988--1992: sekretář programového výboru Československé zimní školy a semináře Logického programování
• 1984--1990: člen programového výboru serie československých konferencí a seminářů z oblasti Plánování organické syntézy na počítači

Vybrané publikace

• FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA and Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2020, vol. 17, No 5, p. 1625-1638. ISSN 1545-5963. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492. URL info
• VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA and Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2019, vol. 35, No 23, p. 4986-4993. ISSN 1367-4803. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386. Full Text info
• SALOMONI, Davide, Luciano GAIDO, Isabel Campos PLASENCIA, Jesus E Marco de LUCAS, Peter SOLAGNA, Jorge GOMES, Luděk MATYSKA, P FUHRMAN, Marcus HARDT, Giacinto DONVITO, L DUTKA, Marcin Pl o CIENNIK, Roberto BARBERA, Cristina AIFTIMIEI, Ignacio BLANQUER, Andrea CECCANTI, Mario DAVID, Alvaro Lopez GARCIA, German MOLTO, P ORVIZ, Zdeněk SUSTR, M VILJOEN, Fernando AGUILAR, L ALVES, Alexandre BONVING, Riccardo BRUNO, D DAVIDOVIC, Marco FARGETTA, Yen CHEN, Sandro FIORE, Z KURKCUOGLU, L LLORET, J MARTINS, Alessandra NUZZO, Paola NASSISI, J PINA, Eva SCIACCA, Daniele SPIGA, M TANGARO, Michal URBANIAK, Bas WEGH and T ZOK. INDIGO-DataCloud: A platform to facilitate seamless access to e-infrastructures. Journal of Grid Computing. Springer Science+Business Media B.V., 2018, vol. 16, No 3, p. 381-408. ISSN 1570-7873. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s10723-018-9453-3. URL info
• LINDEN, Mikael, Michal PROCHÁZKA, Ilkka LAPPALAINEN, Dominik František BUČÍK, Pavel VYSKOČIL, Martin KUBA, Sami SILÉN, Peter BELMANN, Alexander SCZYRBA, Steven NEWHOUSE, Luděk MATYSKA and Tommi NYRÖNEN. Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation. F1000Research. F1000 Research Ltd., 2018, vol. 7, No 2018, p. 1-16. ISSN 2046-1402. Available from: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.15161.1. URL info
• FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA and Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock 1.0. 2017. URL info
• PAZÚRIKOVÁ, Jana, Aleš KŘENEK and Luděk MATYSKA. Guided Optimization Method for Fast and Accurate Atomic Charges Computation. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgicko: EUROSIS - ETI, 2016, p. 267-274. ISBN 978-90-77381-95-3. info
• FILIPOVIČ, Jiří, Matúš MADZIN, Jan FOUSEK and Luděk MATYSKA. Optimizing CUDA code by kernel fusion: application on BLAS. The Journal of Supercomputing. Springer US, 2015, vol. 71, No 10, p. 3934-3957. ISSN 0920-8542. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s11227-015-1483-z. URL info
• HŘEBÍČEK, Jiří, Miroslav KUBÁSEK, Lukáš KOHÚT, Luděk MATYSKA, Lucia TOKÁROVÁ and Jaroslav URBÁNEK. Vědecké výpočty v matematické biologii (Scientific computing in mathematical biology). Brno: Akademické nakladatelství CERM, 2012, 117 pp. ISBN 978-80-7204-781-9. info
• FEIT, Josef, Lukáš HEJTMÁNEK, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER and Luděk MATYSKA. Hypertext Atlases of Pathology. 2012. ISSN 0945-6317. Hypertextové atlasy pro výuku patologie info
• PETERLÍK, Igor, Luděk MATYSKA and Jiří FILIPOVIČ. Haptic Interaction with Complex Models Based on Precomputations. Online. In Advances in Haptics. Vukovar (Croatia): IN-TECH, 2010, p. 333-356. ISBN 978-953-307-093-3. info
• HLADKÁ, Eva, Miloš LIŠKA and Luděk MATYSKA. Multimedia Support for Individualized Learning. In Proceedings of the Fifth International Conference on Information Technology Based Higher Education and Training. Istambul, Turkey: IEEE Catalog Number 04EX898, 2004, p. 4-9. ISBN 0-7803-8596-9. info

2024/03/20

Another Variant: English(1)