Bi6700 Taxonomie prokaryot

Přírodovědecká fakulta
podzim 2024
Rozsah
3/0/0. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučováno prezenčně.
Vyučující
prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Pavel Švec, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C3580 Biochemie && Bi4020 Molekulární biologie && Bi4090 Obecná mikrobiologie
Zkouška z  obecné mikrobiologie, biochemie, základů molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Limitujici je kapacita cvicebny
Mateřské obory/plány
předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Získané poznatky je absolvent kurzu schopen použít v systematice bakterií a samostatně interpretovat získané údaje při typizaci bakteriálních izolátů i při identifikaci neznámých vzorků prokaryotních mikroorganizmů.
Výstupy z učení
Na konci kurzu Taxonomie prokaryot bude student schopen identifikovat prokaryotní mikroorganizmy (domény Archaea a Bacteria) na základě jejich fenotypových vlastností a dle fylogenetického postavení studovaných izolátů.
Osnova
  • Bakteriální taxonomie shrnuje fylogenetické postavení prokaryotních mikroorganizmů (domény Archaea a Bacteria) a vytyčuje pojem systematiky (1 přednáška). Zástupci domény Archaea jsou zmíněni jen v základních rysech čeledí a rodů (1 přednáška). Podstatná část kurzu je věnována mikroorganizmům z domény Bacteria, které jsou v tomto kurzu děleny do tří částí. V první je podrobně zmíněna taxonomie různých tříd kmene Proteobacteria (5 přednášek). Druhá část kurzu zahrnuje další kmeny gramnegativních koků a tyčinek - aerobní, fakultativně anaerobní, obligátně anaerobní; pravidelné i nepravidelné (3 přednášky). Poslední třetí část kuru se týká grampozitivních bakterií (kmeny Actinobacteria a Firmicutes) - morfologicky odlišné skupiny bakterií, jako jsou mykobakteria, nokardioformní či mycélium tvořící bakterie nebo sporulující bakterie (4 přednášky). Na konci tohoto kurzu by měli být studenti schopni používat získané fenotypové a fylogenetické údaje ke klasifikaci mikroorganizmů nebo k jejich typizaci. Dále by mohli chápat podobnost nebo příbuznost mezi bakteriálními druhy a měli by být schopni objasnit vnitro- a mezi-druhovou příbuznost.
Literatura
    povinná literatura
  • SEDLÁČEK, Ivo. Taxonomie prokaryot. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2007, 270 s. 55-969C-2006 02/58 12Př. ISBN 80-210-4207-9. info
    doporučená literatura
  • Euzéby, J.P. 2007. List of prokaryotic names with standing in nomenclature. On-line: http://www.bacterio.cict.fr
  • Garrity, G.M., Boone, D.R., Castenholz, R.W. (eds.). 2001. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second edition. Volume One. The Archaea and the Deeply Branching and Phototrophic Bacteria. Springer, USA.
  • Garrity, G.M., Brenner, D.J., Krieg, N.R., Staley, J.T. (eds.). 2005a. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second edition. Volume Two. The Proteobacteria. Part A Introductory Essays. Springer, USA.
  • Garrity, G.M., Brenner, D.J., Krieg, N.R., Staley, J.T. (eds.). 2005b. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second edition. Volume Two. The Proteobacteria. Part B The Gammaproteobacteria. Springer, USA.
  • Garrity, G.M., Brenner, D.J., Krieg, N.R., Staley, J.T. (eds.). 2005c. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second edition. Volume Two. The Proteobacteria. Part C The Alpha-, Beta-, Delta-,and Epsilonproteobacteria. Springer, USA.
  • Stackebrandt, E. (Ed.) 2006. Molecular Identification, Systematics, and Population Structure of Prokaryotes. Springer, Germany.
  • Priest, F.G., Goodfellow, M. (eds.). 2000. Applied microbial systematics. Kluwer Academic Publisher, Dordrecht, The Netherlands.
Výukové metody
Výuka formou přednášek.
Metody hodnocení
Diskuze na začátku přednášky k minule probrané problematice, 2 písemné testy před blokovým cvičením (30 a 50 otázek), závěrečná ústní zkouška.
Navazující předměty
Informace učitele
Přednáška je určena pouze pro studenty zaměření mikrobiologie.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Přednášky budou realizovány online pomocí MS Teams v čase dle rozvrhu.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023.