Bi7050 Protein characterisation using mass spectrometry

Faculty of Science
Autumn 2007 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
1/0/0. 1 credit(s) (plus extra credits for completion). Recommended Type of Completion: k (colloquium). Other types of completion: zk (examination).
Teacher(s)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (lecturer)
RNDr. Hana Konečná (lecturer)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Department of Experimental Biology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Prerequisites (in Czech)
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
fields of study / plans the course is directly associated with
Course objectives (in Czech)
Přednáška podává studentům, především biologických oborů, stručný úvod do metod využívajících hmotnostní spektrometrii k identifikaci proteinů a jejich modifikací včetně vybraných alternativních technik a praktických příkladů.
Syllabus (in Czech)
  • 1. Hmotnostní spektrometrie Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy). 2. Příprava vzorku (RNDr. Hana Konečná) Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu). 3. Základní metody identifikace proteinů Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů. 4. Kvantifikace Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ). 5. Určování modifikací proteinů Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza sacharidových residuí. 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD) Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech. 7. Proteomické aplikace Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené na půdě PřF.
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2010 - only for the accreditation, Autumn 2005, Autumn 2006, Autumn 2007, Autumn 2008, Autumn 2009, Autumn 2010, Autumn 2011, Autumn 2011 - acreditation, Autumn 2012.