C2136 Pokročilá chemoinformatika

Faculty of Science
Autumn 2007 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
2/0. Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Prerequisites
C2130 Introduction to chemoinformatics and bioinformatics
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti chemoinformatiky. Na konci kursu budou studeni schopni zpracovávat informace o 2D a 3D struktuře molekuly, například vyhledávat cykly, přikládat molekuly, zapisovat molekuly pomocí SMART řetězců atd.. Dále získají studenti zkušenosti s QSAR modelováním, virtuálním screeningem a vytvářením knihoven molekul léků. Studenti budou rovněž schopni pracovat s moderními metodikami jako jsou strojové učení, genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů a support vector machines.
Syllabus (in Czech)
  • 1-2) 2D strukura molekuly: reprezentace pomocí grafu a matice, izomerie, izomorfismus, automorfismus a kanonické indexování grafů, vyhledávání cyklů, zápis 2D struktury pomocí SMILES a SMARTS, databáze 2D struktur molekul
    3-4) 3D struktura molekuly: reprezentace pomocí kartézských a interních souřadnic, geometrické charakteristiky molekuly, superimpozice molekul, database 3D struktur molekul, predikce 3D struktur na základě 2D struktur
    5-6) Pokročilé QSAR modelování: Návrh QSAR modelu, výběr deskriptorů, lineární a multilineární regrese, cross-validace, metriky kvality modelu, nelineární QSAR modely, aplikace QSAR
    7-8) Virtuální screening: “drug-likeness”, virtuální screening založený na struktuře ligandu, virtuální screening založený na struktuře receptoru, využití dokingu, skórovací funkce, deskriptory ADMET (adsorbce, distribuce, metabolismus, exkrece a toxicita)
    9-10) Library design: Obecné a specializované, kombinační knihovny a strategie jejich vytváření, multiobjektové knihovny, praktické příklady vytváření knihoven
    11-12) Moderní metodiky: strojové učení, genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů, support vector machines
Literature
  • BUNIN, Barry A. Chemoinformatics : theory, practice, & products. Dordrecht: Springer, 2007, xi, 295. ISBN 1402050003. info
  • LEACH, Andrew R. and Valerie J. GILLET. An introduction to chemoinformatics. Dordrecht: Springer, 2005, xv, 259 s. ISBN 1-4020-1347-7. info
  • 3D QSAR in drug design. Edited by Hugo Kubinyi - Gerd Folkers - Yvonne Connolly Martin. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 1998, vi, 416. ISBN 0792347927. info
Teaching methods (in Czech)
přednášky s praktickými demonstracemi
Assessment methods (in Czech)
písemný test
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2011 - acreditation, Autumn 2013, Spring 2014, Autumn 2014, Autumn 2016, Autumn 2018, Autumn 2020, autumn 2021, Autumn 2023.