PřF:C2136 Pokročilá chemoinformatika - Course Information
C2136 Pokročilá chemoinformatika
Faculty of ScienceAutumn 2007 - for the purpose of the accreditation
- Extent and Intensity
- 2/0. Type of Completion: zk (examination).
- Teacher(s)
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (deputy)
- Guaranteed by
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science - Prerequisites
- C2130 Introduction to chemoinformatics and bioinformatics
- Course Enrolment Limitations
- The course is offered to students of any study field.
- Course objectives (in Czech)
- Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti chemoinformatiky. Na konci kursu budou studeni schopni zpracovávat informace o 2D a 3D struktuře molekuly, například vyhledávat cykly, přikládat molekuly, zapisovat molekuly pomocí SMART řetězců atd.. Dále získají studenti zkušenosti s QSAR modelováním, virtuálním screeningem a vytvářením knihoven molekul léků. Studenti budou rovněž schopni pracovat s moderními metodikami jako jsou strojové učení, genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů a support vector machines.
- Syllabus (in Czech)
- 1-2) 2D strukura molekuly: reprezentace pomocí grafu a matice, izomerie, izomorfismus, automorfismus a kanonické indexování grafů, vyhledávání cyklů, zápis 2D struktury pomocí SMILES a SMARTS, databáze 2D struktur molekul 3-4) 3D struktura molekuly: reprezentace pomocí kartézských a interních souřadnic, geometrické charakteristiky molekuly, superimpozice molekul, database 3D struktur molekul, predikce 3D struktur na základě 2D struktur 5-6) Pokročilé QSAR modelování: Návrh QSAR modelu, výběr deskriptorů, lineární a multilineární regrese, cross-validace, metriky kvality modelu, nelineární QSAR modely, aplikace QSAR 7-8) Virtuální screening: “drug-likeness”, virtuální screening založený na struktuře ligandu, virtuální screening založený na struktuře receptoru, využití dokingu, skórovací funkce, deskriptory ADMET (adsorbce, distribuce, metabolismus, exkrece a toxicita) 9-10) Library design: Obecné a specializované, kombinační knihovny a strategie jejich vytváření, multiobjektové knihovny, praktické příklady vytváření knihoven 11-12) Moderní metodiky: strojové učení, genetické algoritmy, neuronové sítě, analýza klastrů, support vector machines
- Literature
- BUNIN, Barry A. Chemoinformatics : theory, practice, & products. Dordrecht: Springer, 2007, xi, 295. ISBN 1402050003. info
- LEACH, Andrew R. and Valerie J. GILLET. An introduction to chemoinformatics. Dordrecht: Springer, 2005, xv, 259 s. ISBN 1-4020-1347-7. info
- 3D QSAR in drug design. Edited by Hugo Kubinyi - Gerd Folkers - Yvonne Connolly Martin. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 1998, vi, 416. ISBN 0792347927. info
- Teaching methods (in Czech)
- přednášky s praktickými demonstracemi
- Assessment methods (in Czech)
- písemný test
- Language of instruction
- Czech
- Further Comments
- The course is taught annually.
The course is taught: every week.
- Enrolment Statistics (Autumn 2007 - for the purpose of the accreditation, recent)
- Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2007-forthepurposeoftheaccreditation/C2136