PřF:C2130 Úvod do chemoinformatiky a bio - Course Information
C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky
Faculty of ScienceSpring 2008 - for the purpose of the accreditation
- Extent and Intensity
- 2/0/0. 2 credit(s) (fasci plus compl plus > 4). Type of Completion: zk (examination).
- Teacher(s)
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (lecturer) - Guaranteed by
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science - Course Enrolment Limitations
- The course is offered to students of any study field.
- Course objectives (in Czech)
- Kurs je zaměřen na získání úvodních znalostí v oblasti chemoinformatiky a bioinformatiky. Základní ideou předmětu je spojit pojetí informace v chemoinformatice, kde klíčovým objektem jsou malé a střední molekuly a předpověď jejich vlastností, s pojetím informace v bioinformatice, kde objektem zájmu jsou především biopolymery, zejména bílkoviny a nukleové kyseliny. Student se obeznámí s reprezentací 2-D a 3-D struktury v počítači a s technologiemi, jak se z informace o genomu dostat až k funkční předpovědi. Student bude seznámen se základními přístupy předpovědi vztahu struktura – aktivita – biologická funkce.
- Syllabus (in Czech)
- 1.Co je chemoinformatika a bioinformatika, souvislost a rozdílnost disciplín 2.Reprezentace a manipulace s dvoudimenzionálními (2-D) strukturami 3.Způsoby vyjádření 3-D struktury molekuly a molekulárního systému 4.Molekulární deskriptory 5.Modely pro studium kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou látek – QSAR 6.Metody pro měření molekulární podobnosti 7.Molekulárně biologické databáze. Vyhledávání genů 8.Přiložení páru sekvencí (sequence alignment). Principy, programy. Vícesekvenční příložení (multiple sequence alignment) 9.Predikce genů, fylogenetická evoluční analýza 10.Predikce sekundárních struktur proteinů, základní strukturní 2D a 3D motivy 11.Vztahy sekvence-funkce, sekvenční homologie, konzervované úseky, proteinové rodiny 12.3-D topologie proteinů, předpověď 3-D struktury, threading 13.Metody analýzy velkého množství dat, virtuální prohledávání
- Language of instruction
- Czech
- Further Comments
- The course is taught annually.
The course is taught: every week.
- Enrolment Statistics (Spring 2008 - for the purpose of the accreditation, recent)
- Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2008-forthepurposeoftheaccreditation/C2130