C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii

Faculty of Science
Spring 2008 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
2/1. 2 credit(s) (fasci plus compl plus > 4). Type of Completion: k (colloquium).
Teacher(s)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (lecturer)
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat z databáze, jejich validací, přípravou pro počítačové simulace až po vizualizace výsledků a tvorbu grafických výstupů ve formě prezentací nebo posterů. Cílem kursu není seznámení s jednotlivými metodami počítačové chemie.
Syllabus (in Czech)
  • 1.Zobrazení molekul, převod 2D zobrazení do 3D a naopak 2.Přehled programů pro vizualizaci molekul 3.Strukturní databáze bilomolekul a jejich prohledávání 4.Validace struktur získaných z databází a příprava dat pro molekulové modelování – program WHAT IF a jeho WWW server 5.Vizualizace molekul pomocí programu VMD 6.Vizualizace trajektorií molekulové dynamiky – program VMD 7.Zpracování dat z MD a jejich vizualizace – programy gnuplot, xmgrace 8.Program TRITON – možnosti vizualizace 9.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování 10. Příprava grafických prezentací – Open Office, PovRay, Render3D a tvorba stereoobrázků 11. Tvorba animací a možnosti rozšíření programu VMD 12. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, PyMol
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Spring 2011 - only for the accreditation, Spring 2009, Spring 2010, Spring 2011, Spring 2012, spring 2012 - acreditation, Spring 2013, Spring 2014, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017, spring 2018, Spring 2019, Spring 2020, Spring 2021, Spring 2022, Spring 2023, Spring 2024, Spring 2025.