Nosními tématy letošních projektů budou:

1. Nanopore sekvenování
2. Metagenomika
   

1. Strainberry: automated strain separation in low-complexity metagenomes using long reads

SKUPINY V PROJEKTU:

1. Ondrejka, Hanajikova (Medlanecky rybnik)

2. Blaha, Kusnier (Breclavsko)

3. Simurka, Stanko (Studenka)

4. Guman, Huvar (Marianske udoli)

5. Kratka, Michalik

6. Zeman, Son

7. Oprchalova, Kubin, Helmelicova

========

Pokud některá dvojice projeví zájem řešit projekt z pohledu systémové biologie, nebude Vašim cílem určit druhovou skladbu analyzovaného vzorku, nýbrž jeho podpora pro přítomnost určitých signálních a metabolických drah. Výstupem by mohla být  nějaká exostická dráha, která je ve vzorku zastoupena a nějaká další, ve které některé kroky zjevně chybí.

R-Bioconductor packages applicable to analysis of sequences mapped to KEGG:

---

+

---

---

+

---

CVIČENÍ

1. Vyhledejte v databázi KEGG informace o glykolýze. Který enzym katalyzuje izomeraci glukózo-6P na fruktózo-6P? Jaké je jeho EC číslo, jaký je název? V kolika organizmech sa nachází a jaké je jeho označení a sekvence proteinu a genu v E.coli?

2. Vyberte 3 enzymy z glykolýzy a zjištěte pomoci nástroje KEGG Mapper, v jakých drahách se nachází.

Cvičení dr.Lexa

Ve cvičení si ukážeme jak lze sekvence namapovane na NCBI databázi sekvencí spočítat taxonomicky (tzv. binning). Tyto sekvence můžou být sekvence ze sekvenátora (FASTQ) nebo kontigy získané skládáním a čištěním krátkých i dlouhých readů (FASTA). Dle způsobu volání programu DIAMOND budou ve formátech .m8 nebo .daa ("nemeganizovaná" forma, čili před binningem).

Prihlaste se na helix.fi.muni.cz jako uzivatel studentx99

Prikaz pro spusteni programu je megan6

Soubory contigs*.m8 a contigs*.daa najdete v adresari /mnt/nas/biodata/iv114

Meganizer a dalsi programy lze spustit z adresare /mnt/nas/software/megan/tools

Namapované sekvence byli získány příkazem podobným:

  diamond blastx -q contigs2.fa -d /mnt/nas/biodata/nr.dmnd -o contigs2.m8 -F 15 -f 6 --range-culling --top 10 -p 6

"Meganizace" např:

  /mnt/nas/software/megan/tools/daa2rma -lg -alg longReads -mdb /mnt/nas/backup/megan-map-Oct2019.db -i contigs2.daa -o contigs2.rma

/mnt/nas/software/megan/tools/daa-meganizer -i contigss.daa -mdb /mnt/nas/backup/megan-map-Oct2019.db --longReads --alg longReads

ÚKOL:

Prostudujte formou stromu reprezentované taxony a biologické funkce.

Exportujte data do tabulky.

(Navíc: Srovnejte dvě sady dat.)

NÁSTROJE PRO SPECIFIKACI VÝPOČTŮ

----------

----------

Hlasování pro Nanopore sekvenování: