Dostatečnou pozornost je nutné věnovat ověřování systému HACCP, které může mít charakter dílčí verifikace a nebo komplexní validace. Nejčastější metodou validace jsou audity. Ověřování je povinná aktivita.

Systémy HACCP mohou být certifikovány podle mezinárodních norem (aktuálně norma ISO 22000), veškeré aktivity spojené s certifikacemi systémů jsou nepovinné a přesahují rámec platné legislativy (jedná se o tzv. audity třetí stranou).