Vaterova papila je lokalizována v sestupné části duodena (pars descendens duodeni). Představuje místo, kudy do duodena vyúsťuje žlučovod (ductus choledochus) a hlavní vývod pankreatu (ductus pancreaticus major). Při endoskopickém vyšetření se orientujeme podle tzv. longitudinální řasy, jež je oběma vývody podmíněna.