Interaktivní osnova

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2009) Ut (8:00-8:50 B410, Ut 9:00-9:50 B117)

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe C/Perl nebo C++/Python) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané algoritmy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

HLAVNÍ STUDIJNÍ LITERATURA

1) Jones, Pevzner (2004). An introduction to bioinformatics algorithms (prezencne knihovna FI) - KAPITOLY 1,4,6,8,9,11

DOPLŇKOVÁ LITERATURA

1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences
(143-192 Sequence alignment)
RNA structure prediction

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

(29-64 Sequence comparison methods)

3) Dan Gusfield (1997). Algorithms on strings, trees and sequences.

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

ZÁKLADY BIOINFORMATIKY

Obzvlášť pokud jste neabsolvovali kurz IV107 můžou se Vám hodit některé kapitoly z učebnice tohoto předmětu:

1) Zvelebil, Baum (2008). Understanding bioinformatics (v knihovně).

---

Určené pasáže povinné a doplnkové literatury, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení
(kromě dobrovolných příkladů na body) a materiály označené hvězdičkou jsou
povinnými materiály ke zkoušce.