IV108 Bioinformatika II
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
IV108 Bioinformatika II
Info
Období
podzim 2008

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2008) Ut (9:00-9:50 B410, Ut 10:00-10:50 B117)

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe C/Perl nebo C++/Python) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané algoritmy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

HLAVNÍ STUDIJNÍ LITERATURA

1) Jones, Pevzner (2004). An introduction to bioinformatics algorithms (prezencne knihovna FI)

DOPLŇKOVÁ LITERATURA

1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences
(143-192 Sequence alignment)
RNA structure prediction

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

Rozsah pro kurz

(29-64 Sequence comparison methods)

81-150 Protein structure

3) Dan Gusfield (1997). Algorithms on strings, trees and sequences.

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

ZÁKLADY BIOINFORMATIKY

Obzvlášť pokud jste neabsolvovali kurz IV107 můžou se Vám hodit některé kapitoly z učebnice tohoto předmětu:

1) Zvelebil, Baum (2008). Understanding bioinformatics (v knihovně).

---

Určené pasáže povinné a doplnkové literatury, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení
(kromě dobrovolných příkladů na body) a materiály označené hvězdičkou jsou
povinnými materiály ke zkoušce.

Kapitola obsahuje:
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 15. 9. 2008 do 22. 9. 2008.
Kapitola obsahuje:
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 24. 9. 2008 do 30. 9. 2008.
Kapitola obsahuje:
8
Web
Učitel doporučuje studovat od 1. 10. 2007 do 7. 10. 2007.
Kapitola obsahuje:
9
Web
Učitel doporučuje studovat od 8. 10. 2007 do 14. 10. 2007.
Kapitola obsahuje:
7
Web
Učitel doporučuje studovat od 14. 10. 2008 do 20. 10. 2008.
Kapitola obsahuje:
7
Web
Učitel doporučuje studovat od 22. 10. 2008 do 29. 10. 2008.
Kapitola obsahuje:
12
Web
Učitel doporučuje studovat od 5. 11. 2008 do 11. 11. 2008.
Kapitola obsahuje:
8
Web
Učitel doporučuje studovat od 12. 11. 2008 do 18. 11. 2008.
Kapitola obsahuje:
8
Web
Učitel doporučuje studovat od 19. 11. 2008 do 25. 11. 2008.
Kapitola obsahuje:
7
Web
Učitel doporučuje studovat od 13. 11. 2007 do 19. 11. 2007.
Kapitola obsahuje:
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 27. 11. 2007 do 3. 12. 2007.
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 4. 12. 2007 do 10. 12. 2007.
Kapitola obsahuje:
2
PDF
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 11. 12. 2007 do 17. 12. 2007.
Předchozí