Pokročilé metody bioinformatiky
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Pokročilé metody bioinformatiky
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Pokročilé metody bioinformatiky
Info
Předmět
Období
jaro 2021
V rámci přestavby studia na FI přebírá tento kurz některé pasáže, které se v minulosti vyučovali v PB051 (organizace genomu, transkripční faktory, profilové HMM) a přidává část týkající se NGS, která má úvod v IV108 a dosud byla dál řešena jenom v Projektu z bioinformatiky. Práce s proteinovou strukturou v Pymolu navazuje na IV108 jako opakování a svázání analýzy struktury s analýzou sekvence pomocí HMM. Velká část hodnocení bude vyplývat z praktického řešení úkolů, teoretické částí budou předmětem ústní zkoušky.
Týden 1 - organizace kurzu, struktura genomu, sekvenace metodami NGS - 2. 3. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
3
Obrázek
1
Studijní text
3
Web
Učitel doporučuje studovat od 1. 3. 2021 do 7. 3. 2021.
Týden 2 - zpracování dat z NGS - 9. 3. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 8. 3. 2021 do 14. 3. 2021.
Týden 3 - Repetitivní genom, metody NGS za využití dlouhých "readů" 16. 3. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 15. 3. 2021 do 21. 3. 2021.
Týden 4 - Genome and transcriptome assembly: state of the art and best practices
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
4
Web
Učitel doporučuje studovat od 22. 3. 2021 do 28. 3. 2021.
Týden 5 - Variant calling a structural variation detection with long reads
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
1
Web
Učitel doporučuje studovat od 29. 3. 2021 do 4. 4. 2021.
Týden 6 - anotace genomů z NGS dat (varianty, ChIP-seq, ENCODE) - 6. 4. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
5
PDF
1
Studijní text
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 5. 4. 2021 do 11. 4. 2021.
Týden 7 - anotace genomů, tvorba vlasní anotační stopy a "hubu" - 13. 4. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 26. 4. 2021 do 2. 5. 2021.
Týden 8 - vazba protein-protein/protein-DNA, transkripční faktory - 20. 4. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
6
Web
Učitel doporučuje studovat od 12. 4. 2021 do 18. 4. 2021.
Týden 9 - transkripční faktory, anotace genomů - 27. 4. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
2
Web
Učitel doporučuje studovat od 19. 4. 2021 do 25. 4. 2021.
Týden 10 - Skryté Markovovy modely (HMM) - 4. 5. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
3
PDF
1
Studijní text
Učitel doporučuje studovat od 3. 5. 2021 do 9. 5. 2021.
Týden 11 - Profilové HMM, HMMER - 11. 5. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
PDF
1
Studijní text
5
Web
Učitel doporučuje studovat od 10. 5. 2021 do 16. 5. 2021.
Týden 12 - Analýza rodiny Spike proteinu (S) ze SARS-CoV-2 - 18. 5. 2021
Přejít
Kapitola obsahuje:
1
Studijní text
1
Web
Učitel doporučuje studovat od 17. 5. 2021 do 23. 5. 2021.
Týden 13 - mapování analýzy Spike proteinu na strukturu proteinu - 25. 5. 2021
Přejít
Učitel doporučuje studovat od 24. 5. 2021 do 30. 5. 2021.
Předchozí
Následující