Ústav aplikované farmacie
Ústav přírodních léčiv
Ústav farmaceutické technologie
Ústav farmakologie a toxikologie
Ústav chemických léčiv
Ústav molekulární farmacie
Centrální laboratoř
Knihovna dr. Protivy
Institut celoživotního vzdělávání
Děkanát
Sekretariát děkana
Personální oddělení
Studijní oddělení
Ekonomické oddělení
Oddělení pro kvalitu a akademické záležitosti
Oddělení pro mezinárodní vztahy a internacionalizaci
Oddělení pro výzkum, projektovou podporu a doktorské studium
Oddělení pro vnější vztahy a marketing
IT oddělení
Správa budov