Sekretariát
Personální oddělení
Studijní oddělení
Ekonomické oddělení
Oddělení pro kvalifikační rozvoj
Právní oddělení
Oddělení pro vědu, výzkum a projektovou podporu
Ediční oddělení
Oddělení pro specializační vzdělávání lékařů a nelékařských zdravotnických povolání
Zahraniční oddělení
Oddělení pro rozvoj a projektovou podporu
Oddělení veřejných zakázek
Oddělení pro strategii a vnější vztahy
Oddělení pro kvalitu
