C7876 Genové technologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
0/0/5. 5 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D. (cvičící)
Mgr. David Novák (cvičící)
Garance
doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.
Ústav biochemie - Chemická sekce - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie - Chemická sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C7875 Gen.tech
Absolvování přednášky C7875 Genové technologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem laboratorního kurzu je prakticky si vyzkoušet a naučit se samostatně provádět metody rekombinantních DNA technologií, genetické manipulace s bakteriemi a kvasinkami, exprese rekombinantních proteinů v bakterii E. coli a kvasince P. pastoris, sekvenace bakteriálního genomu a transkriptomu a metagenomickou analýzu.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu mít následující praktické dovednosti: 1. Navrhovat a prakticky techniky určené k manipulaci DNA (klonování, transformace) 2. Navrhovat a provádět expresi rekombinantních proteinů v expresním systému bakterie E. coli a kvasinky P. pastoris. 3. Provést a vyhodnotit metagenomicou analýzu z environmentálního vzorku. 4. Provést a udělat základní vyhodnocení sekvenace bakteriálního genomu a transkriptomu. 5. Provádět kritické hodnocení získaných dat v rámci základních metod současných genových technologií
Osnova
  • Úloha 1 – Exprese proteinu Aspartát-tRNA ligázy v bakterii E. coli BL21(DE3) a jeho následná purifikace pomocí afinitní chromatografie (IMAC) Úloha 2 - Exprese proteinu elicitinu v kvasince P. pastoris GS115 a jeho následná purifikace pomocí iontově-výměnné chromatografie Úloha 3 – Metagenomická analýza environmentálního vzorku na NGS přístroji MiniSeq Úloha 4 – Analýza změn bakteriálního transkriptomu na NGS přístroji MiniSeq Úloha 5 – Sekvenace bakteriálního genomu na NGS přístroji MiniSeq Úloha 6 – Vyhodnocení získaných sekvenačních dat.
Literatura
  • Návody ke cvičením - viz Studijní materiály
Výukové metody
Laboratorní cvičení
Metody hodnocení
Po absolvování všech úloh je psán test skládající se z 20 otázek pokrývajících jednotlivé prováděné úlohy. K úspěšnému zvládnutí předmětu je třeba absolvovat všechna cvičení a získat alespoň 70% bodů z testu.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2022, jaro 2023.