FI:IV108 Bioinformatika II - Informace o předmětu
IV108 Bioinformatika II
Fakulta informatikypodzim 2024
- Rozsah
- 1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- St 18. 9. až St 11. 12. St 12:00–13:50 A219
- Předpoklady
- U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 36 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Seznámení s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice.
- Výstupy z učení
- Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty - Osnova
- 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
- 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
- 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
- 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
- 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
- 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů
- Literatura
- Výukové metody
- přednášky a cvičení
- Metody hodnocení
- Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2024/IV108