IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2011
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Rozvrh
Pá 12:00–13:50 C525
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 46 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2010
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C525
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 44 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2009
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Rozvrh
St 18:00–19:50 B410
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 44 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2008
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Rozvrh
Pá 12:00–15:50 B117
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themself familiar with the linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 39 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The assumption that all species, extant and extinct, evolved from a single common ancstor species forms the basis of phylogenetic research. By comparing both DNA and protein sequences, it is one key aspect of applied bioinformatics to reconstruct when and in which order the corresponding species have emerged. In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time. We will present methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences and how to test the significance of this reconstruction. Particular attention will be given to how to compile an informative data set from the millions of different sequences available in the public databases. Eventually, we will discuss to what extent the evolution of biological sequences is informative for the evolution of species. The course will cover both a theory part and practical exercises where the students will have hands-on training on phylogeny reconstruction in a computer lab.
Osnova
  • The course will deal with the following topics: 1) The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics. 2) Introduction into basic population genetics and the coalescent model. 3) Modelling sequence evolution. 4) Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference. 5) Biological Sequence databases
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
Metody hodnocení
exercices and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2007
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Engersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Rozvrh
Pá 30. 11. 15:00–16:50 A107, 16:00–19:50 B130, So 1. 12. 10:00–11:50 A107, 11:00–13:50 B130, Út 4. 12. 14:00–17:50 B204, St 5. 12. 15:00–18:50 B311, Pá 7. 12. 17:00–18:50 A107, 17:00–20:50 B130, So 8. 12. 10:00–11:50 A107, 11:00–13:50 B130
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themself familiar with the linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 41 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The assumption that all species, extant and extinct, evolved from a single common ancstor species forms the basis of phylogenetic research. By comparing both DNA and protein sequences, it is one key aspect of applied bioinformatics to reconstruct when and in which order the corresponding species have emerged. In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time. We will present methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences and how to test the significance of this reconstruction. Particular attention will be given to how to compile an informative data set from the millions of different sequences available in the public databases. Eventually, we will discuss to what extent the evolution of biological sequences is informative for the evolution of species. The course will cover both a theory part and practical exercises where the students will have hands-on training on phylogeny reconstruction in a computer lab.
Osnova
  • The course will deal with the following topics: 1) The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics. 2) Introduction into basic population genetics and the coalescent model. 3) Modelling sequence evolution. 4) Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference. 5) Biological Sequence databases
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednorázově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2018

Předmět se v období podzim 2018 nevypisuje.

Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 37 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2017

Předmět se v období podzim 2017 nevypisuje.

Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 37 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2016

Předmět se v období podzim 2016 nevypisuje.

Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 37 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2015

Předmět se v období podzim 2015 nevypisuje.

Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 37 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2014

Předmět se v období podzim 2014 nevypisuje.

Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 36 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2013

Předmět se v období podzim 2013 nevypisuje.

Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 36 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Fakulta informatiky
podzim 2012

Předmět se v období podzim 2012 nevypisuje.

Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Předpoklady
Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 36 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species
Osnova
  • The course will deal with the following topics:
  • The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
  • Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
  • Modelling sequence evolution.
  • Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
  • Biological Sequence databases
Literatura
  • PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
lectures and computer exercises
Metody hodnocení
exercises and written exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.
Další komentáře
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011.