IV108 Bioinformatika II

Fakulta informatiky
podzim 2013
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
St 8:00–9:50 B116
Předpoklady
U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 47 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty
Osnova
  • 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
  • 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
  • 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
  • 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
  • 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
  • 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • JONES, Neil C. a Pavel PEVZNER. An introduction to bioinformatics algorithms. Cambridge, Mass.: MIT Press, 2004, xviii, 435. ISBN 0262101068. info
Výukové metody
přednášky a cvičení
Metody hodnocení
Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.
Navazující předměty
Informace učitele
http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.