IV114 Projekt z bioinformatiky a systémové biologie

Fakulta informatiky
podzim 2021
Rozsah
0/1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (cvičící)
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
St 15. 9. až St 8. 12. St 12:00–13:50 B204
Předpoklady
Absolvování předmětu IV107 Bioinformatika I, přehled nástrojů pro zpracování NGS/sekevnačních dat, elementární znalosti programování v libovolném prostředí a jazyce (ideální je UNIX s C/C++/Java a Perl/Python) nebo domluva s vyučujícím
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 77 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
V kurzu se student seznámí s nanopórovou sekvenací DNA, s příslušnými výpočetními nástroji; dokáže samostatně analyzovat molekulárně-biologická data; dokáže prezentovat své výsledky kolegům.
Výstupy z učení
V kurzu se student seznámí s příslušnými výpočetními nástroji; dokáže samostatně analyzovat molekulárně-biologická data; dokáže prezentovat své výsledky kolegům.
Osnova
  • Seznámení se sekvenováním DNA na přístroji minION
  • Příprava studentských projektů ve dvojicích (volba nebo výběr sekvenovaného materiálu; návrh bioinformatického zpracování dat ze sekvenátoru)
  • Realizace (sekvenování DNA a sběr dat; zpracování dat filtrací, mapováním a skládáním; vizualizace)
  • Minikonference a volitelná účast na psaní odborného článku (pokud to výsledky dovolí)
Literatura
  • ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
Výukové metody
studentské projekty, jejich prezentace a diskuze
Metody hodnocení
Student bude hodnocen na základě písemného návrhu a shrnutí projektu (1-2 strany A4) a závěrečné prezentace dle pravidel, které budou upřesněny na začátku semestru.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.