PV290 Chemoinformatics

Fakulta informatiky
podzim 2023
Rozsah
1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno prezenčně.
Vyučující
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Vladimír Horský, Ph.D. (pomocník)
RNDr. Tomáš Raček, Ph.D. (pomocník)
Garance
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
Út 10:00–11:50 C416
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 40 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 13/40, pouze zareg.: 0/40, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/40
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The course is aimed at acquiring knowledge in the field of chemoinformatics. The objectives of the course are as follows: - To explain the concept of molecular structure (1D, 2D and 3D) and methods of its representation in computer. - To explain the most important chemoinformatics methodologies for dealing with the structures of small organic molecules (including their algorithms and complexity). - Explain how to work with and search databases of small molecules.
Výstupy z učení
Upon successful completion of the course, the student will be able to: - explain the concept of chemoinformatics - describe the types of structure of molecules and their representations - describe basic chemoinformatics methodologies for working with small organic molecules (including their algorithms and complexity) and demonstrate their application with selected examples - search for structures of molecules in databases and visualise them - describe the methodology for generating structures of molecules using AI Translated with www.DeepL.com/Translator (free version)
Osnova
  • 1. Introduction, concept of chemoinformatics, content of the subject, history of the field 2. 1D, 2D and 3D structure of a molecule, data representation of a molecule using graph and matrix 3. 2D structure (topology) of a molecule, writing a molecule using a string (SMILES, InChi, InChiKey) 4. Isomorphism and canonical indexing of molecular graphs 5. Cycle search, fingerprints 6. 3D structure (geometry) of the molecule, representation using Cartesian and internal coordinates, data formats, geometry comparison 7. Molecular descriptors 8. Similarity of molecules, similarity comparison, similarity coefficients 9. Models for studying quantitative relationships between structure and activity/property of molecules (QSAR and QSPR models) 10. Databases of small and large molecule structures, searching them 11. Visualization of structures of molecules and molecular fragments, models for visualization of molecules 12. Generation of molecule structures using AI algorithms Translated with www.DeepL.com/Translator (free version)
Literatura
  • Chemoinformatics :a textbook. Edited by Johann Gasteiger - Thomas Engel. Weinheim: Wiley-VCH, 2003, xxx, 649 s. ISBN 3-527-30681-1. info
Výukové metody
lectures with practical demonstrations, exercises - solving examples and working with data and chemoinformatics web applications on a laptop
Metody hodnocení
Written test.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2023/PV290