C2133 Úvod do chemoinformatiky

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 11:00–12:50 C04/211
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Kurs je zaměřen na získání úvodních znalostí v oblasti chemoinformatiky. Základní ideou předmětu je vysvětlit nejdůležitější chemoinformatické metodiky pro práci s informacemi o malých organických molekulách.

Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
Porozumět a reprezentovat 1D, 2D a 3D struktury malých organických molekul v počítači;
Porozumět metodikám pro predikci activity a vlastností molekuly a pro charakterizaci podobnosti molekuly.
Porozumět základním přístupům předpovědi vztahu struktura – aktivita – biologická funkce
Výstupy z učení
Po skončení kurzu bude student schopen popsat základní chemoinformaticé metodiky pro práci s malými organickými molekulami a ukázat jejich aplikaci na vybraných příkladech.
Osnova
  • 1. Co je chemoinformatika - popis oboru, jeho historie a využití 2. Databáze malých organických molekul 3. Zápis molekuly pomocí řetězce (SMILES, InChi, InChiKey), probém unikátního zápisu 4. Reprezentace a manipulace s dvoudimenzionálními (2D) strukturami molekul 5. Způsoby vyjádření 3D struktury molekuly a molekulárního system 6. Molekulární deskriptory 7. Fingerprinty - vektory popisující struktury a vlastnosti molekul 8. Modely pro studium kvantitativních vztahů mezi strukturou a aktivitou látek – QSAR 9. Modely pro studium kvantitativních vztahů mezi strukturou a vlastnostmi látek – QSPR 10. 3D QSAR a 3D QSPR modely 11. Metody pro měření molekulární podobnosti 12. Chemický prostor a metodiky práce s ním
Literatura
  • LEACH, Andrew R. a Valerie J. GILLET. An introduction to chemoinformatics. Dordrecht: Springer, 2005. xv, 259 s. ISBN 1-4020-1347-7. info
  • BUNIN, Barry A. Chemoinformatics : theory, practice, & products. Dordrecht: Springer, 2007. xi, 295. ISBN 1402050003. info
Výukové metody
přednášky s praktickými demonstracemi
Metody hodnocení
Pisemný test
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2020.