C2138 Pokročilá bioinformatika

Přírodovědecká fakulta
jaro 2014
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 12:00–13:50 A4-118, St 14:00–15:50 A4-118
Předpoklady
C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace
Osnova
  • 1-2) Základní bioinformatické pojmy, metody a nástroje. Uvedení do problematiky a opakování.
    3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, nekódující úseky nukleových kyselin, transkripční faktory.
    4) Anotace genomů. Automatická anotace, její správnost, zdroje chyb.
    5) Fylogenetická analýza, fylogenetické stromy, principy.
    6) Posttranslační modifikace a jejich význam. Predikční algoritmy.
    7) Bioinformatický potenciál sacharidů, glykom.
    8) Protein data bank (PDB) – práce s databází, validace, struktur, zdroje chybných strukturních dat.
    9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. 2D, 3D struktura, repetice, význam.
    10) Design primeru a mutageneze. Rozdílné přístupy ve vyhledávání primerů pro odlišné účely, možnosti mutageneze in vitro a in silico.
    11) Alignment metabolickych drah, metabolom.
    12) Virtuální screening v bioinformatice, specifika databází, vazebná místa proteinů.
Literatura
  • HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. New York: Taylor & Francis, 2010. x, 340. ISBN 9780415394949. info
  • BAUM, Jeremy O. Understanding bioinformatics. Edited by Marketa J. Zvelebil. New York, N.Y.: Garland Science, 2008. xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. xii, 692. ISBN 0879697121. info
Výukové metody
přednášky s praktickými demonstracemi
Metody hodnocení
písemný test
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020.