Informace o předmětu

C8855 Pokročilé metody molekulového modelování

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby měl student absolvované kursy C7790 Úvod do molekulového modelování a nebo C9087 Computational Chemistry for Structural Biology.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. V kurzu se budou rozebírat metody potřebné pro stavbu modelů pro simulace převážně biomolekulárních systémů. Budou diskutovány základní problémy neúplných experimentálních struktur a vhodnost využití predikovaných struktur pomocí nástrojů umělé inteligence. Dále bude probíraná příprava před-reakčních komplexů pro studium enzymatických reakcí a základní metody studia reakčních mechanismů.

Výstupy z učení

Student získá pokročilé znalosti pro samostatné studium dynamiky a reaktivity biomolekulárních systémů pomocí nástrojů molekulového modelování.

Osnova

• Základní náležitosti kladené na modely biomolekulárních systémů * Limitace experimentálních (X-ray, NMR, CryoEM) a predikovaných (AlphaFold2, ESM-Fold, RoseTTAFold2) struktur * Ionizovatelné skupiny a vliv pH na model * Docking substrátů do aktivního místa * Jak správně solvatovat biomolekulární systémy * Typy modelů vody a iontů * Molekulární dynamika (MD) biomolekulárních systémů * Analýza MD trajektorií * Hybridní QM/MM popis aktivního místa enzymatické reakce * Výpočet reakčních profilů * Studium reakčních mechanismů

Literatura

• Encyclopedia of computational chemistry. Edited by Paul von R. Schleyer. Chichester: John Wiley & sons, 1998, xxix, 812. ISBN 047196588X. info
• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. Third edition. Chichester: Wiley, 2017, xxii, 638. ISBN 9781118825990. info

Výukové metody

Přednášky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurz je zakončen písemným testem, který je následován volitelnou ústní zkouškou.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Pokročilé metody molekulového modelování

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 2. až Ne 26. 5. St 9:00–9:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby měl student absolvované kursy C7790 Úvod do molekulového modelování a nebo C9087 Computational Chemistry for Structural Biology.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. V kurzu se budou rozebírat metody potřebné pro stavbu modelů pro simulace převážně biomolekulárních systémů. Budou diskutovány základní problémy neúplných experimentálních struktur a vhodnost využití predikovaných struktur pomocí nástrojů umělé inteligence. Dále bude probíraná příprava před-reakčních komplexů pro studium enzymatických reakcí a základní metody studia reakčních mechanismů.

Výstupy z učení

Student získá pokročilé znalosti pro samostatné studium dynamiky a reaktivity biomolekulárních systémů pomocí nástrojů molekulového modelování.

Osnova

• Základní náležitosti kladené na modely biomolekulárních systémů * Limitace experimentálních (X-ray, NMR, CryoEM) a predikovaných (AlphaFold2, ESM-Fold, RoseTTAFold2) struktur * Ionizovatelné skupiny a vliv pH na model * Docking substrátů do aktivního místa * Jak správně solvatovat biomolekulární systémy * Typy modelů vody a iontů * Molekulární dynamika (MD) biomolekulárních systémů * Analýza MD trajektorií * Hybridní QM/MM popis aktivního místa enzymatické reakce * Výpočet reakčních profilů * Studium reakčních mechanismů

Literatura

• Encyclopedia of computational chemistry. Edited by Paul von R. Schleyer. Chichester: John Wiley & sons, 1998, xxix, 812. ISBN 047196588X. info
• LEACH, Andrew R. Molecular modelling : principles and applications. 2nd ed. Harlow: Prentice Hall, 2001, xxiii, 744. ISBN 0582382106. info
• JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. Third edition. Chichester: Wiley, 2017, xxii, 638. ISBN 9781118825990. info

Výukové metody

Přednášky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurz je zakončen písemným testem, který je následován volitelnou ústní zkouškou.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Pokročilé metody molekulového modelování

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 9:00–9:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student získá pokročilé znalostí v oblasti výpočetní chemie. Bude mít přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. Bude umět do výpočtu zahrnout solvent. Bude znát vybraný softwarový balík.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Pokročilé metody molekulového modelování

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 9:00–9:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student získá pokročilé znalostí v oblasti výpočetní chemie. Bude mít přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. Bude umět do výpočtu zahrnout solvent. Bude znát vybraný softwarový balík.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Pokročilé metody molekulového modelování

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 1. 3. až Pá 14. 5. Čt 10:00–10:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student získá pokročilé znalostí v oblasti výpočetní chemie. Bude mít přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. Bude umět do výpočtu zahrnout solvent. Bude znát vybraný softwarový balík.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Pokročilé metody molekulového modelování

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)

Garance

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 9:00–9:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Výstupy z učení

Student získá pokročilé znalostí v oblasti výpočetní chemie. Bude mít přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. Bude umět do výpočtu zahrnout solvent. Bude znát vybraný softwarový balík.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 10:00–10:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 10:00–10:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 10:00–10:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 10:00–10:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 10:00–10:50 C04/118

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Rozvrh

Čt 9:00–9:50 C04/211

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Rozvrh

Pá 11:00–11:50 C04/211

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Rozvrh

Pá 9:00–9:50 C04/211

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Zdeněk Kříž (přednášející), prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (zástupce)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Rozvrh

Út 13:00–13:50 C04/211

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 23 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Zdeněk Kříž (přednášející), prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (zástupce)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 23 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Zdeněk Kříž (přednášející), prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (zástupce)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 23 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10

Mateřské obory/plány

předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Zdeněk Kříž (přednášející), prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (zástupce)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 23 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Zdeněk Kříž (přednášející), prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (zástupce)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 23 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Výukové metody

Předná3ky kombinované s diskusí nad projekty.

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C8855 Počítačová chemie a molekulové modelování II

Rozsah

1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Je velmi žádoucí, aby student měl absolvovaný kurs C7790/C7800. Kurs je typicky směřován do doktorského studia.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 21 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.

Literatura

• Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (jaro 2025, nejnovější)