FB810 Problems and Issues of Molecular Modeling

Faculty of Science
Autumn 2022
Extent and Intensity
2/0/0. 2 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: z (credit).
Taught online.
Teacher(s)
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD. (lecturer)
Guaranteed by
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Department of Condensed Matter Physics - Physics Section - Faculty of Science
Contact Person: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Supplier department: Department of Condensed Matter Physics - Physics Section - Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
C7790 Intro. to Mol. Mod.
časté používání molekulového modelování
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Seznámit studenty s limity a omezeními výpočetních metod a matematických nástrojů implementovaných do programů pro molekulové modelování.
Syllabus (in Czech)
  • 1. Termostaty: Zachování ekvipartičního teorému (letící ledová kostka), Správnost termostatu (kanonický soubor), Oddělené termostaty pro různé částí systému, Stochastické termostaty a dynamika
  • 2. Dalekodosahové interakce: Cut-off, Elektroneutralita systému, Dipól v boxu
  • 3. Forcefield: Parametrizace proteinů, Různá mixovací pravidla, Polarizační katastrofa, Protein voda, Škálovaní nábojů
  • 4. Externí pole: Pohyb nenabitých částic v el. poli
Literature
  • Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications, Pearson, 2001
  • Daan Frenkel, Berend Smit: Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (Computational Science) 2nd Ed., Academic Press, 2001
Teaching methods (in Czech)
Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze
Assessment methods (in Czech)
Prezentace a diskuze studovaného problému
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2019, Autumn 2020, Spring 2021, autumn 2021, Spring 2022, Spring 2023.
  • Enrolment Statistics (recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2022/FB810