C7995 Advanced Methods of Biomolecular NMR

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010
Rozsah
2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.
Předpoklady
Students should have good knowledge of NMR theory at the level of the courses C5320 and/or C6770.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
The students will get hands-on knowledge of sofisticated experiments used in modern NMR spectroscopy with an accent on techniques for spectroscopy of proteins and nucleic acids. All important exprimental issues from sample preparation and spectrometer setup and calibration trough data aquisition and processing up to spectra evaluation will be discussed as well as practically performed in the laboratory. At the end of the course, the students will be able to prepare independently a biomolecular sample for NMR spectroscopy, choose the appropriate experiments, set up the measurements, and process and evaluate the data.

Osnova
  • 1. NMR sample, preparation and handling

    2. Spectrometer setup

    3. Spectrometer calibrations

    4. Building blocks of pulse sequences

    5. Programming of pulse sequences

    6. Water suppression techniques

    7. Homonuclear 2D experiments

    8. Heteronuclear double and triple resonance experiments

    9. 3D experiments for proteins and nucleic acids (HNCO, HNCa, HCCH-TOCSY, HCN)

    10. Data processing

    11. Analysis of protein NMR spectra

    12. Analysis of NMR spectra of nucleic acids

Literatura
  • NMR of macromolecules : a practical approach. Edited by Gordon C.K. Roberts. Oxford: Oxford University Press, 1993, 399 s. ISBN 0-19-963224-3. info
  • CAVANAGH, John. Protein NMR spectroscopy : principles and practice. 2nd ed. Amsterdam: Elsevier, 2007, xxv, 885. ISBN 9780121644918. info
  • BERGER, Stefan a Siegmar BRAUN. 200 and more NMR experiments : a practical course. Weinheim: Wiley-VCH, 2004, xv, 838. ISBN 3527310673. info
  • CAVANAGH, John a Wayne J. FAIRBROTHER. Protein NMR Spectroscopy. Principles and Practice. San Diego: Academic Press, 1996, 587 s. ISBN 0-12-164490-1. info
Výukové metody
Lectures, laboratory practice, work on a project
Metody hodnocení
Presence at the practical sessions in the NMR laboratory is required. Final examination will be based on the results of individual student projects.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
http://ncbr.chemi.muni.cz/~fiala/AdvancedMethods.html
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, jaro 2016, podzim 2016, jaro 2017, podzim 2017, jaro 2018, podzim 2018, jaro 2019, podzim 2019, jaro 2020, podzim 2020, jaro 2021, podzim 2021, jaro 2022, podzim 2022, jaro 2023, podzim 2023, jaro 2024, podzim 2024, jaro 2025.