FB810 Problems and Issues of Molecular Modeling

Faculty of Science
Autumn 2019
Extent and Intensity
2/0/0. 2 credit(s) (plus extra credits for completion). Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD. (lecturer)
Guaranteed by
doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Department of Condensed Matter Physics - Physics Section - Faculty of Science
Contact Person: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Supplier department: Department of Condensed Matter Physics - Physics Section - Faculty of Science
Prerequisites (in Czech)
C7790 Computat. Chem. and Molec. I
časté používání molekulového modelování
Course Enrolment Limitations
The course is offered to students of any study field.
Course objectives (in Czech)
Seznámit studenty s limity a omezeními výpočetních metod a matematických nástrojů implementovaných do programů pro molekulové modelování.
Syllabus (in Czech)
  • 1. Termostaty: Zachování ekvipartičního teorému (letící ledová kostka), Správnost termostatu (kanonický soubor), Oddělené termostaty pro různé částí systému, Stochastické termostaty a dynamika
  • 2. Dalekodosahové interakce: Cut-off, Elektroneutralita systému, Dipól v boxu
  • 3. Forcefield: Parametrizace proteinů, Různá mixovací pravidla, Polarizační katastrofa, Protein voda, Škálovaní nábojů
  • 4. Externí pole: Pohyb nenabitých částic v el. poli
Literature
  • Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications, Pearson, 2001
  • Daan Frenkel, Berend Smit: Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (Computational Science) 2nd Ed., Academic Press, 2001
Teaching methods (in Czech)
Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze
Assessment methods (in Czech)
Prezentace a diskuze studovaného problému
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Autumn 2020.
  • Enrolment Statistics (Autumn 2019, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2019/FB810