Studijní plán

Státní doktorská zkouška i obhajoba disertační práce probíhají v anglickém jazyce.

STÁTNÍ DOKTORSKÁ ZKOUŠKA (SDZ)
probíhá standardně po ukončení 4. semestru studia a je při ní prověřována
i) hluboká znalost detailů v kontextu realizovaného doktorského projektu,
ii) orientace v oboru - student prokazuje dobrou orientaci v problematice absolvovaných specializačních předmětů, v moderních metodikách a technologiích a
iii) širší znalost v rámci programu Vědy o živé přírodě.

Pro absolvování SDZ určí předseda oborové rady ve spolupráci se školitelem tři vědecké oblasti. Student je nejpozději do dvou týdnů po podání přihlášky k SDZ s těmito oblastmi seznámen. Z nich si vybere jednu, ke které zpracuje odbornou prezentaci v délce trvání 10 minut, kterou přednese hodnotící komisi během SDZ. Po prezentaci následuje detailní diskuse nad třemi zadanými vědeckými oblastmi. Základní vědecké oblasti jsou shrnuty v sylabu studijního programu.

DISERTAČNÍ PRÁCE
Disertační práce představuje výsledky tvůrčí činnosti, kterou uchazeč vykonal v průběhu studia. Musí obsahovat původní výsledky, které byly zveřejněny nebo přijaty k zveřejnění. Práce by měla být dostatečně podrobná, aby umožnila hodnotící komisi posoudit vědecké, metodologické a kritické myšlení studenta.
Disertační práce může být zpracována ve dvou různých formátech, jehož výběr musí být schválen školitelem.

Upřednostňovaný formát disertační práce je soubor příspěvků s komplexním úvodem a komentářem. Tento typ disertační práce je založen na nejméně dvou publikacích, z nichž alespoň jedna musí být prvoautorská. Pokud tato publikace nemá IF v Q1 v daném studijním oboru, měly by existovat další dvě spoluautorské publikace s IF v Q1 nebo Q2. Recenze mohou být také součástí práce, ale nelze je zahrnout do limitu dvou publikací. Zahrnuty mohou být pouze publikované články nebo rukopisy přijaté k publikaci s akceptačním dopisem.

Práce by měla obsahovat i) úvod, ii) hypotézu a cíle projektu, iii) metodiku (volitelně), iii) komentář k publikovaným příspěvkům (může být zahrnuta i nepublikovaná práce), iv) specifikaci vlastního příspěvku studenta na všech výsledcích obsažených v publikacích, v) shrnutí výsledků a způsob jakým rozšiřují znalosti v oboru, vi) diskusi, která dodává kontext a komentáře k výsledkům, vii) závěr, viii) odkazy.

Druhým formátem disertační práce je monografie s experimentálními výsledky. Obsahuje úplný popis projektu disertační práce a lze jej napsat jako rozšířenou verzi publikace. Práce by měla být dostatečně podrobná, aby umožnila hodnotící komisi posoudit vědecké, metodologické a kritické myšlení studenta (max. rozsah by neměl překročit 120 stran).

Práce je rozdělena na i) úvod, ii) hypotézu a cíle projektu, iii) metody, vi) výsledky, v) diskusi, která dodává kontext a komentáře k výsledkům, vi) závěr, vii) specifikace vlastního příspěvku studenta k práci na všech zahrnutých výsledcích a odkazy.

OBHAJOBA DISERTAČNÍ PRÁCE
Obhajoba probíhá formou 20minutové prezentace výsledků doktorského projektu, po které následuje diskuse objasňující komentáře a otázky oponentů a další otázky členů komise.

Ve výjimečných případech je možné přistoupit k obhajobě formou Viva Voce (anglosaský způsob obhajoby). Forma obhajoby tímto způsobem je podstatně zpřísněna (detailně je popsána v Sebehodnotící zprávě programu). Návrh na ni podává školitel a projednává/povoluje oborová rada.

Dle Studijního a zkušebního řádu MU (SZŘ) si každý student v průběhu prvního ročníku studia sestaví ve spolupráci se školitelem Individuální studijní plán (ISP), který je zaznamenán v Informačním systému MU (IS MU). Celková předpokládaná zátěž odpovídá cca 60 ECTS kreditů ročně (1 kredit je cca 25 hodin, tj. ročně celkem 1500 hodin studijních a výzkumných povinností). ISP schvaluje oborová rada.
Plány pro každý semestr jsou upřesněny v semestrální náplni, kterou schvaluje školitel, a jejíž plnění je v závěru každého semestru školitelem hodnoceno.

Student má dále povinnost po konzultaci se školitelem a oborovou radou si v průběhu prvního semestru studia vytvořit individuální doktorskou komisi (Thesis Advisory Committee - TAC), složenou minimálně ze tří odborníků (včetně školitele) v oblasti jejich doktorské práce. Úkolem TAC je studentovi pomáhat nastavit ISP, monitorovat jeho plnění a dávat zpětnou vazbu na průběh studia a na vědecké pokroky. Tři plánované schůzky této poradní komise slouží jako milníky studia a z každé je pořízen záznam, který vhodnou formou a v adekvátním rozsahu informuje oborovou radu programu o progresu studenta a fázi plnění vytýčených cílů.

ISP je postaven na plnění závazků rozdělených do tří oblastí, z nichž dvě jsou společné pro všechny studenty programu a poslední jsou individualizovány dle zaměření studenta. Tyto tři oblasti jsou:
- Základní předměty (Core subjects) - cca 65 % obsahu studia
- Kurzy přenositelných dovedností (Soft-skills courses) – cca15 % obsahu studia
- Kurzy specializačních dovedností (Hard-skills courses) - cca 20 % obsahu studia

Základní předměty tvoří asi 65 % všech povinností a slouží k prohloubení vědecko-výzkumných kompetencí studenta. Student je povinen splnit všechny základní předměty v předepsaném rozsahu. Největší část cca 50 % zabírá experimentální a další vědecká činnost na výzkumném projektu, cca 10 % zabírá aktivní účast na vědeckých seminářích, cca 3 % tvoří aktivity spojené s prezentací dat, tj. psaní publikace a aktivní účast na konferencích a přibližně 2 % z plánované doby zabírá pobyt v zahraničí (min.1 měsíc). V plnění základních předmětů je také zohledněna povinnost studentů realizovat v průběhu studia tři schůzky TAC, a povinnost ve třetím a čtvrtém ročníku studia prezentovat svůj projekt v rámci PhD Konference.

Kurzy přenositelných dovedností tvoří cca 15 % z celkového obsahu studia a slouží k dalšímu rozvoji studentů v oblastech, které nepřímo souvisí s jejich odborným vzděláním, ale které jsou nezbytné pro jejich další uplatnění, a to zejména v mezinárodním, interdisciplinárním a intersektorálním kontextu.
Studenti musí povinně absolvovat alespoň tři kurzy přenositelných dovedností během studia.
V tomto typu kurzů je zařazen i předmět Pomoc při výuce, v rámci kterého studenti získávají pedagogické zkušenosti podílem na kontaktní výuce nebo vedením Bc nebo Mgr studentů. Maximální rozsah je 150 hodin výuky v rámci celého studia.

Kurzy specializačních dovedností tvoří přibližně 20 % z celkového obsahu studia. Mají za cíl připravit studenta po odborné stránce, a tudíž jsou vybírány specificky dle potřeb jednotlivých studentů. Student musí absolvovat alespoň čtyři předměty během celého studia.

A structural basis for the cross-talk between histones and RNA Polymerase II
ADAR2 RNA editing in CNS
Cracking the CTD code
Development of bioinformatics methods for data integration from various diagnostic types in clinical oncology
Developmental responses and adaptation to abiotic stress for seed production in rapeseed
Dynamics of the Structure Maintenance of Chromosome (SMC) complexes
Elucidation of novel therapy targets for B-cell malignancies
Characterization of cyclin-dependent kinases 12 and 11 (CDK12 and CDK11) in gene expression and tumorigenesis
Identification of RNA binding protein function and regulation patterns
Investigating the regulation of the RNA modifying enzyme ADAR1 and how it regulates other biological pathways and diseases
Microenvironmental interactions and non-coding RNAs in the biology of B cell leukemia
Regulation of protein-protein interactions
RNA as a drug target
Role of phosphorylated 14-3-3 proteins
Search for new regulators of intracellular trafficking in plants
Simultaneous gene transcription and translation in bacteria
Structural and time-resolved studies of phage replication in bacterial biofilm
Structural Biology of WNT Signalling
Structure, dynamics, and interactions of bacterial RNA polymerase subunits and sigma factors
Structure, function, and evolution of plant telomere components
Structure of parallel forms of nucleic acids studied by NMR spectroscopy and molecular modelling
Structure-functional study of proteins involved in host cell recognition
The role of protein-protein interactions in the dynamics of m6A RNA modification