Molekulárně biologická charakterizace tří ETA bakteriofágů
kmenů Staphylococcus aureus izolovaných v českých nemocnicích

a 2012

Molekulárně biologická charakterizace tří ETA bakteriofágů kmenů Staphylococcus aureus izolovaných v českých nemocnicích

MIKEL, Pavel, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ, Petr PETRÁŠ, Ivana MACHOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Molekulárně biologická charakterizace tří ETA bakteriofágů kmenů Staphylococcus aureus izolovaných v českých nemocnicích

Název anglicky

Molecular biological characterization of three ETA bacteriophages of Staphylococcus aureus isolated in Czech hospitals

Autoři

MIKEL, Pavel, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ, Petr PETRÁŠ a Ivana MACHOVÁ

Vydání

XXI. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2012, Brno, Česká republika, 2012

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

978-80-210-5874-3

Změněno: 16. 11. 2012 18:03, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Anotace

V originále

Úvod: Kmeny Staphylococcus aureus produkující exfoliativní toxin A (ETA) jsou hlavními původci epidermolytických infekcí postihujících nejenom novorozence, ale i dospělé osoby. Gen eta kódující ETA je nesen profágem integrovaným v genomu hostitelské bakterie. Cílem této studie byla molekulárně biologická charakterizace a srovnávací analýza genomu tří ETA fágů čeledi Siphoviridae, které byly indukovány z kmenů S. aureus izolovaných v českých nemocnicích v letech 2009 a 2010. Metodika: Fágová DNA byla studována s využitím restrikční analýzy (RFLP), PCR genotypizace, sekvenace klonovaných specifických restrikčních fragmentů a PCR amplikonů a bioinformatické analýzy získaných sekvencí. Výsledky: Restrikční analýzou DNA byla odhadnuta celková velikost genomu, určena shoda restrikčních profilů a identifikace jedinečných fragmentů u studovaných fágů. Bylo zjištěno, že dva ETA fágy jsou totožné a jeden se od nich výrazně liší. Srovnání sekvencí 6 modulárních regionů u studovaných fágů s odpovídajícími sekvencemi u dříve popsaných ETA fágů potvrdilo jejich vysokou heterogenitu. Klonováním specifických restrikčních fragmentů a analýzou jejich sekvencí byly zjištěny jedinečné oblasti genomu indukovaných ETA fágů. Tyto byly porovnány se sekvencemi v databázi GenBank. Části genomu specifické pro studované ETA fágy byly využity pro návrh nové PCR metody, která umožnila odhalit výskyt nových typů ETA fágů. Závěr: Studované fágy představují jedinečné a dosud nepopsané typy ETA fágů přispívající k variabilitě a virulenci S. aureus v České republice. Dosažené výsledky potvrzují nejenom velkou heterogenitu genomu ETA fágů, ale zdůrazňují také nutnost vývoje a zdokonalování metod pro jejich detekci a klasifikaci. Práce významně přispívá k upřesnění molekulární epidemiologie a charakterizace ETA produkujících kmenů S. aureus.

Návaznosti

GA310/09/0459, projekt VaV

Název: Úloha bakteriofágů v horizontálním přenosu genů virulence a rezistence u Staphylococcus aureus

Investor: Grantová agentura ČR, Úloha bakteriofágů v horizontálním přenosu genů virulence a rezistence u Staphylococcus aureus

NT12395, projekt VaV

Název: Molekulární průkaz a analýza invazivních kmenů small colony variants (SCV) a rezistentních kmenů S. aureus od pacientů s cystickou fibrózou

Citovat

MIKEL, Pavel, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ, Petr PETRÁŠ a Ivana MACHOVÁ. Molekulárně biologická charakterizace tří ETA bakteriofágů kmenů Staphylococcus aureus izolovaných v českých nemocnicích. In XXI. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2012, Brno, Česká republika. 2012. ISBN 978-80-210-5874-3.

@proceedings{1073549,
   author = {Mikel, Pavel and Růžičková, Vladislava and Holochová, Pavla and Petráš, Petr and Machová, Ivana},
   booktitle = {XXI. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2012, Brno, Česká republika},
   language = {cze},
   isbn = {978-80-210-5874-3},
   title = {Molekulárně biologická charakterizace tří ETA bakteriofágů kmenů Staphylococcus aureus izolovaných v českých nemocnicích},
   url = {http://tomdny.fnusa.cz/},
   year = {2012}
}

TY  - CONF
ID  - 1073549
AU  - Mikel, Pavel - Růžičková, Vladislava - Holochová, Pavla - Petráš, Petr - Machová, Ivana
PY  - 2012
TI  - Molekulárně biologická charakterizace tří ETA bakteriofágů kmenů Staphylococcus aureus izolovaných v českých nemocnicích
SN  - 9788021058743
UR  - http://tomdny.fnusa.cz/
N2  - Úvod: Kmeny Staphylococcus aureus produkující exfoliativní toxin A (ETA) jsou hlavními původci epidermolytických infekcí postihujících nejenom novorozence, ale i dospělé osoby. Gen eta kódující ETA je nesen profágem integrovaným v genomu hostitelské bakterie. Cílem této studie byla molekulárně biologická charakterizace a srovnávací analýza genomu tří ETA fágů čeledi Siphoviridae, které byly indukovány z kmenů S. aureus izolovaných v českých nemocnicích v letech 2009 a 2010. Metodika: Fágová DNA byla studována s využitím restrikční analýzy (RFLP), PCR genotypizace, sekvenace klonovaných specifických restrikčních fragmentů a PCR amplikonů a bioinformatické analýzy získaných sekvencí. Výsledky: Restrikční analýzou DNA byla odhadnuta celková velikost genomu, určena shoda restrikčních profilů a identifikace jedinečných fragmentů u studovaných fágů. Bylo zjištěno, že dva ETA fágy jsou totožné a jeden se od nich výrazně liší. Srovnání sekvencí 6 modulárních regionů u studovaných fágů s odpovídajícími sekvencemi u dříve popsaných ETA fágů potvrdilo jejich vysokou heterogenitu. Klonováním specifických restrikčních fragmentů a analýzou jejich sekvencí byly zjištěny jedinečné oblasti genomu indukovaných ETA fágů. Tyto byly porovnány se sekvencemi v databázi GenBank. Části genomu specifické pro studované ETA fágy byly využity pro návrh nové PCR metody, která umožnila odhalit výskyt nových typů ETA fágů. Závěr: Studované fágy představují jedinečné a dosud nepopsané typy ETA fágů přispívající k variabilitě a virulenci S. aureus v České republice. Dosažené výsledky potvrzují nejenom velkou heterogenitu genomu ETA fágů, ale zdůrazňují také nutnost vývoje a zdokonalování metod pro jejich detekci a klasifikaci. Práce významně přispívá k upřesnění molekulární epidemiologie a charakterizace ETA produkujících kmenů S. aureus.
ER  -

MIKEL, Pavel, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ, Petr PETRÁŠ a Ivana MACHOVÁ. Molekulárně biologická charakterizace tří ETA bakteriofágů kmenů Staphylococcus aureus izolovaných v českých nemocnicích. In \textit{XXI. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2012, Brno, Česká republika}. 2012. ISBN~978-80-210-5874-3.

Podrobný výpis o publikaci