2012
Detekce a identifikace původců mykotických infekcí způsobených vláknitými houbami pomocí metod molekulární genetiky
BEJDÁK, Petr; Martina LENGEROVÁ; Dita PALOUŠOVÁ; Pavlína VOLFOVÁ; Iva KOCMANOVÁ et. al.Základní údaje
Originální název
Detekce a identifikace původců mykotických infekcí způsobených vláknitými houbami pomocí metod molekulární genetiky
Název anglicky
Detection and identification of filamentous fungi causing mycoses using molecular genetic methods
Autoři
BEJDÁK, Petr (203 Česká republika, garant, domácí); Martina LENGEROVÁ (203 Česká republika, domácí); Dita PALOUŠOVÁ (203 Česká republika, domácí); Pavlína VOLFOVÁ (203 Česká republika, domácí); Iva KOCMANOVÁ (203 Česká republika); Jiří MAYER (203 Česká republika, domácí) a Zdeněk RÁČIL (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Klinická mikrobiologie a infekční lékařství, Praha, TRIOS spol. s r.o. 2012, 1211-264X
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
30200 3.2 Clinical medicine
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14740/12:00058700
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
Klíčová slova česky
molekulární genetika; diagnostika; mykotické infekce; vláknité houby; barcoding; databáze sekvencí
Klíčová slova anglicky
molecular genetics; diagnosis; mycoses; fiIamentous fungi; barcoding; sequence databases
Příznaky
Recenzováno
Změněno: 12. 2. 2013 09:07, Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková
V originále
Metody molekulární genetiky nabízejí možnost rychlé a citlivé detekce a identifikace houbových patogenů. Používané diagnostické metody jsou založeny převážně na PCR. Vzhledem k tomu, že houby jsou takřka všudypřítomné, je třeba zabránit kontaminaci v průběhu celého procesu od odběru vzorku až po laboratorní analýzy. Molekulárně genetické metody diagnostiky nepatři mezi kritéria EORTC/MSG pro stanovení diagnózy mykotických onemocnění, protože stále chybí mezilaboratorní standardizace těchto metod. Dalším důvodem je používání různých cílových genů pro PCR. Pro druhovou identifikaci se doporučuje použivat variabilní sekvence mezerníků (ITS) v genech pro rRNA. Určování hub pomocí sekvenování DNA s sebou nese jistá úskalí a interpretace výsledků může být v některých případech problematická. Sekvence DNA se vyhledávají a porovnávají v internetových databázích, z nichž nejznámější je GenBank. Spolehlivější data pro identifikaci hub však poskytují specializované mykologické databaze.
Anglicky
Methods of molecular genetics offer rapid and sensitive detection and identification of fungal pathogens. The currently used methods are based mainly on PCR. With regard to the ubiquitous presence of fungi, it is important to prevent contamination during the whole process, from sampling to laboratory analyses. Molecular genetic methods are not included among the EORTC/MSG criteria used for the diagnosis of invasive fungal diseases since interlaboratory standardization is still missing. Anothet reason is the use of different target genes for PCR. ITS sequences from rDNA clusters are recommended for DNA barcoding of fungi. The use of DNA sequencing for identification of fungi in clinical samples has certain limitations and interpretation of results could be problematic in some cases. DNA sequences are searched and compared in public databases on the Internet, the best known of them being the GenBank. However,more reliable data for identification of fungi are offered by specialized mycological databases.
Návaznosti
| FR-TI2/254, projekt VaV |
|