J 2012

The Biobanking Research Infrastructurec BBMRI_CZ: a Critical Tool to Enhance

HOLUB, Petr, Kamila GREPLOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ a Dalibor VALÍK

Základní údaje

Originální název

The Biobanking Research Infrastructurec BBMRI_CZ: a Critical Tool to Enhance

Název česky

Infrastruktura výzkumných biobank BBMRI_CZ: klíčový nástroj translačního výzkumu v onkologii

Autoři

HOLUB, Petr (203 Česká republika, garant, domácí), Kamila GREPLOVÁ (203 Česká republika), Dana KNOFLÍČKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Dalibor VALÍK (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Klinická onkologie, Praha, Česká lékařská společnost J.E.Purkyně, 2012, 0862-495X

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

30200 3.2 Clinical medicine

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14110/12:00063828

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

Klíčová slova česky

biobanka; databáze; výzkum rakoviny

Klíčová slova anglicky

biobanking; databases; cancer research
Změněno: 13. 3. 2014 14:30, Bc. Lucie Stehlíková

Anotace

ORIG CZ

V originále

We introduce the national research biobanking infrastructure, BBMRI_CZ. The infrastructure has been founded by the Ministry of Education and became a partner of the European biobanking infrastructure BBMRI.eu. It is designed as a network of individual biobanks where each biobank stores samples obtained from associated healthcare providers. The biobanks comprise long term storage (various types of tissues classified by diagnosis, serum at surgery, genomic DNA and RNA) and short term storage (longitudinally sampled patient sera). We discuss the operation workflow of the infrastructure that needs to be the distributed system: transfer of the samples to the biobank needs to be accompanied by extraction of data from the hospital information systems and this data must be stored in a central index serving mainly for sample lookup. Since BBMRI_CZ is designed solely for research purposes, the data is anonymised prior to their integration into the central BBMRI_CZ index. The index is then available for registered researchers to seek for samples of interest and to request the samples from biobank managers. The paper provides an overview of the structure of data stored in the index. We also discuss monitoring system for the biobanks, incorporated to ensure quality of the stored samples.

Česky

V tomto sdělení popisujeme národní infrastrukturu výzkumných biobank BBMRI_CZ. Infrastruktura byla založena Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy a stala se partnerem evropské infrastruktury biobank BBMRI. Infrastruktura je navržena jako síť biobank, které skladují vzorky získané od asociovaných zdravotnických institucí. Biobanky sestávají z dlouhodobého úložiště (různé typy tkání klasifikované podle diagnózy, peroperační sérum, genomová DNA, RNA) a krátkodobého úložiště (séra pacientů odebíraná v čase). Diskutujeme způsob práce infrastruktury, který musí odpovídat její distribuované povaze: získávání vzorků musí být doprovázeno extrakcí dat z nemocničních informačních systémů a tato data musejí být katalogizována v centrálním indexu pro potřeby vyhledávání. Jelikož BBMRI_CZ slouží pouze pro potřeby vědy a výzkumu, jsou data před uložením do indexu anonymizována. Index je poté k dispozici registrovaným výzkumným pracovníkům, kteří mohou o vybrané vzorky podat žádosti správcům biobank. Článek poskytuje přehled struktury dat uložených v indexu. Diskutujeme také monitorovací systém biobank, který je do BBMRI_CZ začleněn pro dohled nad dodržováním kvality uskladnění vzorků.