HOLUB, Petr, Kamila GREPLOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ a Dalibor VALÍK. The Biobanking Research Infrastructurec BBMRI_CZ: a Critical Tool to Enhance. Klinická onkologie. Praha: Česká lékařská společnost J.E.Purkyně, 2012, roč. 2012, č. 2, s. 2S78- 2S81, 4 s. ISSN 0862-495X.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název The Biobanking Research Infrastructurec BBMRI_CZ: a Critical Tool to Enhance
Název česky Infrastruktura výzkumných biobank BBMRI_CZ: klíčový nástroj translačního výzkumu v onkologii
Autoři HOLUB, Petr (203 Česká republika, garant, domácí), Kamila GREPLOVÁ (203 Česká republika), Dana KNOFLÍČKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Dalibor VALÍK (203 Česká republika, domácí).
Vydání Klinická onkologie, Praha, Česká lékařská společnost J.E.Purkyně, 2012, 0862-495X.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 30200 3.2 Clinical medicine
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14110/12:00063828
Organizační jednotka Lékařská fakulta
Klíčová slova česky biobanka; databáze; výzkum rakoviny
Klíčová slova anglicky biobanking; databases; cancer research
Změnil Změnila: Bc. Lucie Stehlíková, učo 118345. Změněno: 13. 3. 2014 14:30.
Anotace
We introduce the national research biobanking infrastructure, BBMRI_CZ. The infrastructure has been founded by the Ministry of Education and became a partner of the European biobanking infrastructure BBMRI.eu. It is designed as a network of individual biobanks where each biobank stores samples obtained from associated healthcare providers. The biobanks comprise long term storage (various types of tissues classified by diagnosis, serum at surgery, genomic DNA and RNA) and short term storage (longitudinally sampled patient sera). We discuss the operation workflow of the infrastructure that needs to be the distributed system: transfer of the samples to the biobank needs to be accompanied by extraction of data from the hospital information systems and this data must be stored in a central index serving mainly for sample lookup. Since BBMRI_CZ is designed solely for research purposes, the data is anonymised prior to their integration into the central BBMRI_CZ index. The index is then available for registered researchers to seek for samples of interest and to request the samples from biobank managers. The paper provides an overview of the structure of data stored in the index. We also discuss monitoring system for the biobanks, incorporated to ensure quality of the stored samples.
Anotace česky
V tomto sdělení popisujeme národní infrastrukturu výzkumných biobank BBMRI_CZ. Infrastruktura byla založena Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy a stala se partnerem evropské infrastruktury biobank BBMRI. Infrastruktura je navržena jako síť biobank, které skladují vzorky získané od asociovaných zdravotnických institucí. Biobanky sestávají z dlouhodobého úložiště (různé typy tkání klasifikované podle diagnózy, peroperační sérum, genomová DNA, RNA) a krátkodobého úložiště (séra pacientů odebíraná v čase). Diskutujeme způsob práce infrastruktury, který musí odpovídat její distribuované povaze: získávání vzorků musí být doprovázeno extrakcí dat z nemocničních informačních systémů a tato data musejí být katalogizována v centrálním indexu pro potřeby vyhledávání. Jelikož BBMRI_CZ slouží pouze pro potřeby vědy a výzkumu, jsou data před uložením do indexu anonymizována. Index je poté k dispozici registrovaným výzkumným pracovníkům, kteří mohou o vybrané vzorky podat žádosti správcům biobank. Článek poskytuje přehled struktury dat uložených v indexu. Diskutujeme také monitorovací systém biobank, který je do BBMRI_CZ začleněn pro dohled nad dodržováním kvality uskladnění vzorků.
VytisknoutZobrazeno: 29. 7. 2024 00:18