Theoretical Description of Carbohydrate-Aromatic CH-pi Interactions Additive Properties via DFT and Ab Initio Calculations

KOZMON, Stanislav, Radek MATUŠKA, Vojtěch SPIWOK a Jaroslav KOČA. Theoretical Description of Carbohydrate-Aromatic CH-pi Interactions Additive Properties via DFT and Ab Initio Calculations. In X-Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady 2012. 2012.

Základní údaje

• Originální název: Theoretical Description of Carbohydrate-Aromatic CH-pi Interactions Additive Properties via DFT and Ab Initio Calculations
• Autoři: KOZMON, Stanislav (703 Slovensko, domácí), Radek MATUŠKA (203 Česká republika, domácí), Vojtěch SPIWOK (203 Česká republika, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: X-Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady 2012, 2012.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/12:00058657
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova anglicky: Dispersion interaction carbohydrates CH-pi interaction benzene naphtalene

Anotace

Introduced computational study aims to describe the degree of additivity of the CH-pi interaction analyzing the interaction energy of carbohydrate-benzene complexes with monodentate (one CH-pi contact) and bidentate (two CH-pi contacts) carbohydrate-naphtalene complexes. The analysis unravels that the CH-pi is not completely additive, because the interaction energy of bidentate complexes is higher (the interaction is weaker) than the sum of interaction energies of two corresponding monodentate complexes. However, deeper analysis discovers certain measurable degree of additivity. More precisely, the interaction energy of bidentate complex is 2/3 of the sum of interaction energies of appropriate monodentate complexes. Similarly, the interaction energy value for bidentante carbohydrate-naphtalene complexes is comparable to 4/5 of the sum of interaction energies of corresponding carbohydrate-benzene complexes. This study also serves as illustration that DFT-D methods describe CH-pi interactions in qualitatively similar manner as more computationally demanding CCSD(T)/CBS method. Based on both performed studies, we may state that DFT-D approach may be utilized for computational treatment of larger complexes of biological interest, where CH-pi dispersion interactions play non-negligible role.

Návaznosti

• CZ.1.05/1.1.00/02.0068, interní kód MU: Název: CEITEC - středoevropský technologický institut (Akronym: CEITEC)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC - středoevropský technologický institut, 1.1 Evropská centra excelence

• GD301/09/H004, projekt VaV: Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny

Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

• 2SGA2747, interní kód MU: Název: Saccharide - protein dispersion interactions involved in the bacterial recognition processes (Akronym: SaProDI)

Investor: Jihomoravský kraj, Saccharide - protein dispersion interactions involved in the bacterial recognition processes, Granty pro zahraniční vědce