ŠTEFLOVÁ, Pavlína, Viktor TOKAN, Ivan VOGEL, Matej LEXA, Jiří MACAS, Petr NOVAK, Roman HOBZA, Boris VYSKOT a Eduard KEJNOVSKÝ. Contrasting Patterns of Transposable Element and Satellite Distribution on Sex Chromosomes (XY1Y2) in the Dioecious Plant Rumex acetosa. GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, Oxford, UK: Oxford Univ Press, 2013, roč. 5, č. 4, s. 769-782. ISSN 1759-6653. doi:10.1093/gbe/evt049.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Contrasting Patterns of Transposable Element and Satellite Distribution on Sex Chromosomes (XY1Y2) in the Dioecious Plant Rumex acetosa
Autoři ŠTEFLOVÁ, Pavlína (203 Česko, domácí), Viktor TOKAN (203 Česko), Ivan VOGEL (703 Slovensko, domácí), Matej LEXA (703 Slovensko, domácí), Jiří MACAS (203 Česko), Petr NOVAK (203 Česko), Roman HOBZA (203 Česko), Boris VYSKOT (203 Česko) a Eduard KEJNOVSKÝ (203 Česko, garant, domácí).
Vydání GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, Oxford, UK, Oxford Univ Press, 2013, 1759-6653.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10601 Cell biology
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 4.532
Kód RIV RIV/00216224:14740/13:00068595
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1093/gbe/evt049
UT WoS 000318557200013
Klíčová slova anglicky sex chromosomes; sorrel (Rumex acetosa); transposable elements; satellites
Štítky ok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298. Změněno: 13. 3. 2018 14:19.
Anotace
Rumex acetosa is a dioecious plant with the XY1Y2 sex chromosome system. Both Y chromosomes are heterochromatic and are thought to be degenerated.We performed low-pass 454 sequencing and similarity-based clustering of male and female genomic 454 reads to identify and characterize major groups of R. acetosa repetitive DNA. We found that Copia and Gypsy retrotransposons dominated, followed by DNA transposons and nonlong terminal repeat retrotransposons. CRM and Tat/Ogre retrotransposons dominated the Gypsy superfamily, whereas Maximus/Sireviruses were most abundant among Copia retrotransposons. Only one Gypsy subfamily had accumulated on Y1 and Y2 chromosomes,whereas many retrotransposons were ubiquitous on autosomes and the X chromosome, but absent on Y1 and Y2 chromosomes, and otherswere depleted fromthe X chromosome. One group of CRM Gypsywas specifically localized to centromeres.Wealso found thatmajority of previously described satellites (RAYSI, RAYSII, RAYSIII, andRAE180) are accumulatedontheYchromosomeswherewe identifiedYchromosome-specific variant ofRAE180.Wediscovered two novel satellites-RA160 satellite dominating on the X chromosome and RA690 localized mostly on the Y1 chromosome. The expression pattern obtained from IlluminaRNAsequencing showedthat the expression of transposable elements is similar in leaves of both sexes and that satellites are also expressed. Contrasting patterns of transposable elements (TEs) and satellite localization on sex chromosomes in R. acetosa,where not only accumulation but also depletion of repetitiveDNAwas observed, suggest that a plethora of evolutionary processes can shape sex chromosomes.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.20.0045, projekt VaVNázev: Podpora profesního růstu a mezinárodní integrace výzkumných týmů v oblasti molekulární medicíny
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
Steflova_13_GBE.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru Křížová, O. 17. 6. 2013

Práva

Právo číst
 
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba RNDr. Jiří Macas, Ph.D., učo 162778
  • osoba Mgr. Pavlína Motlová, učo 184552
  • osoba doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc., učo 204182
  • osoba Ing. Ivan Vogel, učo 232445
  • osoba Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
  • osoba Mgr. Viktor Tokan, učo 323682
  • osoba prof. RNDr. Boris Vyskot, DrSc., učo 37411
  • osoba RNDr. Roman Hobza, Ph.D., učo 9959
Atributy
 
Vytisknout
Požádat autora o autorský výtisk Zobrazeno: 4. 8. 2020 22:49