J 2013

Differentiation of Lactobacillus Species by ARDRA

KŠICOVÁ, Kateřina, Marta DUŠKOVÁ a Renata KARPÍŠKOVÁ

Základní údaje

Originální název

Differentiation of Lactobacillus Species by ARDRA

Autoři

KŠICOVÁ, Kateřina (203 Česká republika, domácí), Marta DUŠKOVÁ (203 Česká republika, garant) a Renata KARPÍŠKOVÁ (203 Česká republika)

Vydání

Czech Journal of Food Science, 2013, 1212-1800

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 0.741

Kód RIV

RIV/00216224:14310/13:00069157

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000318259400011

Klíčová slova anglicky

: restriction analysis of the 16S rDNA gene; aluI; MspI; in silico fragmentation; species identification

Štítky

Změněno: 28. 4. 2014 14:57, Ing. Zdeňka Rašková

Anotace

V originále

The Lactobacillus species by 16S Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (16S-ARDRA) was identified. Lactobacilli are bacteria often found in foodstuffs of both animal and vegetable origins. On one hand, they play an important role in the food spoilage and, on the other hand, they are used as starter cultures in food fermentation processes. The species-specific identification by traditional biochemical methods is time consuming and not always fully effective. Therefore, more efficient techniques are searched for. We focused on rapid identification of Lactobacillus isolates from different habitats. Forty-nine collection strains and isolates belonging to the genus Lactobacillus were discriminated. ARDRA was carried out with two restriction endonucleases. For the comparison of similarity, the Jaccard coefficient and clustering by the unweighted pair group method with arithmetic averages (UPGMA) were used. The percentages of similarity between profiles varied from 22% to 100% (aluI) and from 27% to 100% (MspI). This method proved applicable to the differentiation of 10 species.

Návaznosti

MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací