D 2013

Geometry-based Algorithm for Detection of Asymmetric Tunnels in Protein Molecules

BYŠKA, Jan, Adam JURČÍK a Jiří SOCHOR

Základní údaje

Originální název

Geometry-based Algorithm for Detection of Asymmetric Tunnels in Protein Molecules

Název česky

Geometrické algoritmy pro detekci asymetrických tunelů v proteinech

Autoři

BYŠKA, Jan (203 Česká republika, garant, domácí), Adam JURČÍK (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Germany, TPCG 2013, od s. 17-24, 8 s. 2013

Nakladatel

Eurographics Association

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Kód RIV

RIV/00216224:14330/13:00069322

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-905673-98-2

Klíčová slova česky

voxely; protein; tunel; vizualizace

Klíčová slova anglicky

voxels;protein; tunnel; computational geometry; visualization

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 27. 11. 2013 09:45, prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.

Anotace

V originále

We present a novel geometry-based method for computing asymmetric tunnels and voids in proteins, approximating their real shape with selected precision. Our method combines ideas from Voronoi and grid based approaches for protein analysis. We represent tunnels in protein using voxel data grid which allows us to store their shape more accurately. Our algorithm employs a tunnel skeleton computed using Voronoi diagram. The skeleton allows us to perform grid computation in a bounded space, with lower time and memory demands, and easily identify and measure individual tunnels.

Návaznosti

LG13010, projekt VaV
Název: Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics (Akronym: ERCIM-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics
MUNI/A/0750/2012, interní kód MU
Název: Vyzkum FI v oblastech aplikovane informatiky (Akronym: FI_Apl_Inf_2013)
Investor: Masarykova univerzita, Vyzkum FI v oblastech aplikovane informatiky, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty