2013
Geometry-based Algorithm for Detection of Asymmetric Tunnels in Protein Molecules
BYŠKA, Jan, Adam JURČÍK a Jiří SOCHORZákladní údaje
Originální název
Geometry-based Algorithm for Detection of Asymmetric Tunnels in Protein Molecules
Název česky
Geometrické algoritmy pro detekci asymetrických tunelů v proteinech
Autoři
BYŠKA, Jan (203 Česká republika, garant, domácí), Adam JURČÍK (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Germany, TPCG 2013, od s. 17-24, 8 s. 2013
Nakladatel
Eurographics Association
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Velká Británie a Severní Irsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
tištěná verze "print"
Kód RIV
RIV/00216224:14330/13:00069322
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-3-905673-98-2
Klíčová slova česky
voxely; protein; tunel; vizualizace
Klíčová slova anglicky
voxels;protein; tunnel; computational geometry; visualization
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 27. 11. 2013 09:45, prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
Anotace
V originále
We present a novel geometry-based method for computing asymmetric tunnels and voids in proteins, approximating their real shape with selected precision. Our method combines ideas from Voronoi and grid based approaches for protein analysis. We represent tunnels in protein using voxel data grid which allows us to store their shape more accurately. Our algorithm employs a tunnel skeleton computed using Voronoi diagram. The skeleton allows us to perform grid computation in a bounded space, with lower time and memory demands, and easily identify and measure individual tunnels.
Návaznosti
| LG13010, projekt VaV |
| ||
| MUNI/A/0750/2012, interní kód MU |
|