Single-Base Resolution Sequence-Directed Nucleosome Mapping

TRIFONOV, Eduard Nikolajevič a Jan HAPALA. Single-Base Resolution Sequence-Directed Nucleosome Mapping. Israel Journal of Chemistry. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2013, roč. 53, 3-4, s. 144-146. ISSN 0021-2148. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/ijch.201200074.

Základní údaje

• Originální název: Single-Base Resolution Sequence-Directed Nucleosome Mapping
• Autoři: TRIFONOV, Eduard Nikolajevič (376 Izrael, garant, domácí) a Jan HAPALA (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: Israel Journal of Chemistry, WEINHEIM, WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2013, 0021-2148.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Německo
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 2.561
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/13:00069571
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Doi: http://dx.doi.org/10.1002/ijch.201200074
• UT WoS: 000317859800003
• Klíčová slova anglicky: DNA; ucleobases; nucleosome positioning; regulation of transcription; TATA box
• Štítky: ok, rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Frequently used nucleosome mapping techniques, both experimental and computational ones, pursue a rather simple task to determine whether a given sequence segment is likely to belong to a nucleosome, thus measuring the nucleosome occupancy along the sequence. A more ambitious task is to determine the position with high resolution, so that not only the approximate translational position of the nucleosome on DNA would be known, but also the rotational setting of the DNA. The rotational setting is important to know since the binding of various transcription factors to the nucleosome DNA crucially depends on the accessibility of the respective recognition sequences. The only experimental technique that provides the highest possible accuracy of the positioning is crystallization of the nucleosomes reconstituted on specific sequences, with subsequent solving of their structures from x-ray diffraction data. Two computational approaches to the accurate positioning of nucleosomes, based on energy calculations and on sequence patterndirected mapping, are currently in different stages of progress.

Návaznosti

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací