2013
Massive genomic variation and strong selection in Arabidopsis thaliana lines from Sweden
LONG, Quan, Fernando A. RABANAL, Dazhe MENG, Christian D. HUBER, Ashley FARLOW et. al.Základní údaje
Originální název
Massive genomic variation and strong selection in Arabidopsis thaliana lines from Sweden
Autoři
LONG, Quan (40 Rakousko), Fernando A. RABANAL (40 Rakousko), Dazhe MENG (840 Spojené státy), Christian D. HUBER (40 Rakousko), Ashley FARLOW (40 Rakousko), Alexander PLATZER (40 Rakousko), Qingrun ZHANG (40 Rakousko), Bjarni J. VILHJÁLMSSON (840 Spojené státy), Arthur KORTE (40 Rakousko), Viktoria NIZHYNSKA (40 Rakousko), Viktor VORONIN (40 Rakousko), Pamela KORTE (40 Rakousko), Laura SEDMAN (40 Rakousko), Terezie MANDÁKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Martin LYSÁK (203 Česká republika, garant, domácí), Uemit SEREN (40 Rakousko), Ines HELLMANN (40 Rakousko) a Magnus NORDBORG (840 Spojené státy)
Vydání
Nature Genetics, New York, Nature Publishing Group, 2013, 1061-4036
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 29.648
Kód RIV
RIV/00216224:14740/13:00066452
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
UT WoS
000322374900010
Klíčová slova anglicky
RIBOSOMAL-RNA GENES; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; WIDE ASSOCIATION; NATURAL VARIATION; DNA; POPULATIONS; SEQUENCE; POLYMORPHISM; METHYLATION; ACCESSIONS
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 25. 4. 2014 16:52, Olga Křížová
Anotace
V originále
Despite advances in sequencing, the goal of obtaining a comprehensive view of genetic variation in populations is still far from reached. We sequenced 180 lines of A. thaliana from Sweden to obtain as complete a picture as possible of variation in a single region. Whereas simple polymorphisms in the unique portion of the genome are readily identified, other polymorphisms are not. The massive variation in genome size identified by flow cytometry seems largely to be due to 45S rDNA copy number variation, with lines from northern Sweden having particularly large numbers of copies. Strong selection is evident in the form of long-range linkage disequilibrium (LD), as well as in LD between nearby compensatory mutations. Many footprints of selective sweeps were found in lines from northern Sweden, and a massive global sweep was shown to have involved a 700-kb transposition.
Návaznosti
GAP506/12/0668, projekt VaV |
| ||
GBP501/12/G090, projekt VaV |
|