A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms

J 2014

A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms

MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA et. al.

Základní údaje

Originální název

A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms

Autoři

MAŠKA, Martin (203 Česká republika, garant, domácí), Vladimír ULMAN (203 Česká republika, domácí), David SVOBODA (203 Česká republika, domácí), Pavel MATULA (203 Česká republika, domácí), Petr MATULA (203 Česká republika, domácí), Cristina EDERRA (724 Španělsko), Ainhoa URBIOLA (724 Španělsko), Tomás ESPAÑA (724 Španělsko), Subramanian VENKATESAN (356 Indie), Deepak M W BALAK (356 Indie), Pavel KARAS (203 Česká republika, domácí), Tereza BOLCKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Markéta ŠTREITOVÁ (203 Česká republika, domácí), Craig CARTHEL (840 Spojené státy), Stefano CORALUPPI (840 Spojené státy), Nathalie HARDER (276 Německo), Karl ROHR (276 Německo), Klas E G MAGNUSSON (752 Švédsko), Joakim JALDÉN (752 Švédsko), Helen M BLAU (826 Velká Británie a Severní Irsko), Oleh DZYUBACHYK (804 Ukrajina), Pavel KŘÍŽEK (203 Česká republika), Guy M HAGEN (528 Nizozemské království), David PASTOR-ESCUREDO (724 Španělsko), Daniel JIMENEZ-CARRETERO (724 Španělsko), Maria J LEDESMA-CARBAYO (724 Španělsko), Arrate MUÑOZ-BARRUTIA (724 Španělsko), Erik MEIJERING (528 Nizozemské království), Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí) a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO (724 Španělsko)

Vydání

Bioinformatics, 2014, 1367-4803

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 4.981

Kód RIV

RIV/00216224:14330/14:00073448

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080

UT WoS

000337040200016

Klíčová slova anglicky

cell tracking; fluorescence microscopy

Štítky

CBIA, cbia-web

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 13. 4. 2018 14:54, doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.

Anotace

V originále

Automatic tracking of cells in multidimensional time-lapse fluorescence microscopy is an important task in many biomedical applications. A novel framework for objective evaluation of cell tracking algorithms has been established under the auspices of the IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2013 Cell Tracking Challenge. In this article, we present the logistics, datasets, methods and results of the challenge and lay down the principles for future uses of this benchmark.

Návaznosti

EE2.3.30.0009, projekt VaV

Název: Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci

GBP302/12/G157, projekt VaV

Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii

Investor: Grantová agentura ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii

Citovat

MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics. 2014, roč. 30, č. 11, s. 1609-1617. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080.

@article{1139064,
   author = {Maška, Martin and Ulman, Vladimír and Svoboda, David and Matula, Pavel and Matula, Petr and Ederra, Cristina and Urbiola, Ainhoa and España, Tomás and Venkatesan, Subramanian and Balak, Deepak M W and Karas, Pavel and Bolcková, Tereza and Štreitová, Markéta and Carthel, Craig and Coraluppi, Stefano and Harder, Nathalie and Rohr, Karl and Magnusson, Klas E G and Jaldén, Joakim and Blau, Helen M and Dzyubachyk, Oleh and Křížek, Pavel and Hagen, Guy M and PastorandEscuredo, David and JimenezandCarretero, Daniel and LedesmaandCarbayo, Maria J and MuñozandBarrutia, Arrate and Meijering, Erik and Kozubek, Michal and OrtizanddeandSolorzano, Carlos},
   article_number = {11},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080},
   keywords = {cell tracking; fluorescence microscopy},
   language = {eng},
   issn = {1367-4803},
   journal = {Bioinformatics},
   title = {A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms},
   url = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080},
   volume = {30},
   year = {2014}
}

TY  - JOUR
ID  - 1139064
AU  - Maška, Martin - Ulman, Vladimír - Svoboda, David - Matula, Pavel - Matula, Petr - Ederra, Cristina - Urbiola, Ainhoa - España, Tomás - Venkatesan, Subramanian - Balak, Deepak M W - Karas, Pavel - Bolcková, Tereza - Štreitová, Markéta - Carthel, Craig - Coraluppi, Stefano - Harder, Nathalie - Rohr, Karl - Magnusson, Klas E G - Jaldén, Joakim - Blau, Helen M - Dzyubachyk, Oleh - Křížek, Pavel - Hagen, Guy M - Pastor-Escuredo, David - Jimenez-Carretero, Daniel - Ledesma-Carbayo, Maria J - Muñoz-Barrutia, Arrate - Meijering, Erik - Kozubek, Michal - Ortiz-de-Solorzano, Carlos
PY  - 2014
TI  - A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms
JF  - Bioinformatics
VL  - 30
IS  - 11
SP  - 1609-1617
EP  - 1609-1617
SN  - 13674803
KW  - cell tracking
KW  - fluorescence microscopy
UR  - http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080
N2  - Automatic tracking of cells in multidimensional time-lapse fluorescence microscopy is an important task in many biomedical applications. A novel framework for objective evaluation of cell tracking algorithms has been established under the auspices of the IEEE International Symposium on Biomedical Imaging 2013 Cell Tracking Challenge. In this article, we present the logistics, datasets, methods and results of the challenge and lay down the principles for future uses of this benchmark.
ER  -

MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. \textit{Bioinformatics}. 2014, roč.~30, č.~11, s.~1609-1617. ISSN~1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080.

Podrobný výpis o publikaci