LEXA, Matej a Stanislav ŠTEFANIČ. The possibilities of using biological knowledge for filtering pairs of SNPs in GWAS studies: an exploratory study on public protein-interaction and pathway data. In Oscar Pastor, Christine Sinoquet, Guy Plantier, Tanja Schultz, Ana L. N. Fred, Hugo Gamboa. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. Angers, France: SciTePress, 2014. s. 259-264, 6 s. ISBN 978-989-758-012-3. doi:10.5220/0004915002590264.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název The possibilities of using biological knowledge for filtering pairs of SNPs in GWAS studies: an exploratory study on public protein-interaction and pathway data.
Autoři LEXA, Matej (703 Slovensko, garant, domácí) a Stanislav ŠTEFANIČ (703 Slovensko, domácí).
Vydání Angers, France, Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, od s. 259-264, 6 s. 2014.
Nakladatel SciTePress
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Francie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14330/14:00074889
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-989-758-012-3
Doi http://dx.doi.org/10.5220/0004915002590264
Klíčová slova anglicky GWAS; SNPs; biological knowledge; databases; genotyping; filtering
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298. Změněno: 5. 10. 2014 16:02.
Anotace
Genome-wide association studies have become a standard way of discovering novel causative alleles by loooking for statisticaly significant associations in patient genotyping data. The present challenge for these methods is to discover associations involving multiple interacting loci, a common phenomenon in diseases often related to epistasis. The main problem is the exponential increase in necessary computational power for every additional interacting locus considered in association tests. Several approaches have been proposed to manage this problem, including limiting analysis to interacting pairs and filtering SNPs according to external biological knowledge. Here we explore the possibilities of using public protein interaction data and pathway maps to filter out only pairs of SNPs that are likely to interact, perhaps because of epistatic mechanisms working at the protein level. After filtering all possible pairs of SNPs by their presence in a common protein-protein interaction or proteins sharing a metabolic or signalling pathway, we calculate the possible reduction in computational requirements under different scenarios. We discuss these exploratory results in the context of the so-called "lost heredity" and the usefulness of similar approach for similar scenarios.
Návaznosti
7E13011, projekt VaVNázev: THALAssaemia MOdular Stratification System for personalized therapy of beta-thalassemia (Akronym: THALAMOSS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Podpora projektů sedmého rámcového programu Evropského společenství pro výzkum, technologický rozvoj a demonstrace (2007 až 2013)
VytisknoutZobrazeno: 13. 7. 2020 04:58