p 2013

On generating benchmark datasets for evaluation of segmentation and tracking algorithms in fluorescence microscopy

SVOBODA, David

Základní údaje

Originální název

On generating benchmark datasets for evaluation of segmentation and tracking algorithms in fluorescence microscopy

Autoři

SVOBODA, David (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

SPlab workshop, 2013

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Vyžádané přednášky

Obor

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/13:00066770

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

simulation; benchmark datasets; image processing; fluorescence microscopy

Štítky

Změněno: 22. 1. 2014 13:19, doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D.

Anotace

V originále

In fluorescence microscopy, the proper evaluation of image segmentation and tracking algorithms is still an open problem. As the ground truth for cell image data (and measurements on them) is not available in most experiments, the outputs of different image analysis methods can hardly be verified or compared to each other. We created a toolbox that can generate 3D digital phantoms of specific cellular components along with their corresponding images degraded by specific optics and electronics. The images can represent static scenes (fixed cell) as well as time-lapse sequences (living cells). Such synthetically generated images can serve as a benchmark dataset for measuring the quality of various segmentation and tracking algorithms.

Návaznosti

GBP302/12/G157, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii
Investor: Grantová agentura ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii