Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
@proceedings{1165230, author = {Aghová, Tatiana and Piálek, Lubomír and Čížková, Dagmar and Šumbera, Radim and Bryja, Josef}, booktitle = {Zoologické dny 2014}, title = {DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje?}, year = {2014} }
TY - CONF ID - 1165230 AU - Aghová, Tatiana - Piálek, Lubomír - Čížková, Dagmar - Šumbera, Radim - Bryja, Josef PY - 2014 TI - DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje? N2 - Muzeijné vzorky, predovšetkým typový materiál a vzorky z ťažko dostupných oblastí, sú hodnotným zdrojom informácii pre rôzne odvetvia zoologického výskumu (napr. taxonómia, biogeografia). DNA izolovaná z muzeijných vzoriek má však nízku kvalitu aj kvantitu. Najčastejším problémom je degradácia DNA a/alebo kontaminácia exogénnou DNA. Na genetickú identifikáciu materiálu z múzeí je použiteľnou metódou DNA barcoding, ktorý je u cicavcov založený na krátkej sekvencii cytochrómu b (136 bp). Vďaka novým možnostiam, ktoré prináša sekvenovanie novej generácie (NGS), môžme získať obrovské množstvo DNA sekvencií za prijateľnú cenu a mieru úsilia. Takzvané paralelné sekvenovanie amplikónov umožňuje osekvenovať každé vlákno DNA separátne (podobne ako pri klonovaní), čo umožňuje odlíšiť identifikovaného jedinca od kontaminácie. V našom projekte sme zozbierali viac ako 200 vzoriek afrických hlodavcov, ktoré sme označili, zmultiplexovali dohromady a následne osekvenovali v jednom behu na platforme 454 GS-Junior. Napriek značným komplikáciam, ktoré vznikli pri kvantifikácii PCR knižnice a emulznej PCR, sme sekvenovaním získali cca 46 tisíc sekvencii, ktoré spracovávame pomocou programu SE|S|AM|E Barcode, ktorý bol špeciálne navrhnutý na tento účel. Cieľom prednášky je poukázať na značné výhody využitia NGS pri spracovaní muzeijného materiálu ako aj upozorniť na komplikácie, ktoré pri analýze môžu vzniknúť. ER -
AGHOVÁ, Tatiana, Lubomír PIÁLEK, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje? In \textit{Zoologické dny 2014}. 2014.
|