CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization
and analysis of tunnels and channels in protein structures

J 2014

CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures

KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD et. al.

Základní údaje

Originální název

CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures

Název česky

CAVER Analyst 1.0: Grafický nástroj pro interaktivní vizualizaci a analýzu tunelů a kanálů v proteinech

Autoři

KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Česká republika, domácí), Eva ŠEBESTOVÁ (203 Česká republika, domácí), Vilém ŠUSTR (203 Česká republika, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí), Lukáš DANIEL (203 Česká republika, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí), Antonín PAVELKA (203 Česká republika, domácí), Martin MANAK (203 Česká republika), Martin BEZDĚKA (203 Česká republika, domácí), Petr BENEŠ (203 Česká republika, domácí), Matúš KOTRY (703 Slovensko, domácí), Artur Wiktor GORA (616 Polsko, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Bioinformatics, Oxford University Press, 2014, 1367-4803

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 4.981

Kód RIV

RIV/00216224:14330/14:00073649

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu364

UT WoS

000342913000027

Klíčová slova anglicky

protein; visualization; tunnel; cavity

Štítky

AKR

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 21. 6. 2015 20:05, prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.

Anotace

V originále

The transport of ligands, ions or solvent molecules into proteins with buried binding sites or through the membrane is enabled by protein tunnels and channels. CAVER Analyst is a software tool for calculation, analysis and real-time visualization of access tunnels and channels in static and dynamic protein structures. It provides an intuitive graphic user interface for setting up the calculation and interactive exploration of identified tunnels/channels and their characteristics.

Návaznosti

GAP202/10/1435, projekt VaV

Název: Analýza a vizualizace proteinových struktur

Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur

LC06008, projekt VaV

Název: Centrum počítačové grafiky (Akronym: CPG)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CPG - Centrum počítačové grafiky

MUNI/A/0915/2013, interní kód MU

Název: Výzkum FI ve vybraných oblastech aplikované informatiky (Akronym: FI_Apl_Inf_2014)

Investor: Masarykova univerzita, Výzkum FI ve vybraných oblastech aplikované informatiky, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Lukáš DANIEL, David BEDNÁŘ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Martin BEZDĚKA, Petr BENEŠ, Matúš KOTRY, Artur Wiktor GORA, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures. Bioinformatics. Oxford University Press, 2014, roč. 30, č. 18, s. 2684-2685. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu364.

@article{1184047,
   author = {Kozlíková, Barbora and Šebestová, Eva and Šustr, Vilém and Brezovský, Jan and Strnad, Ondřej and Daniel, Lukáš and Bednář, David and Pavelka, Antonín and Manak, Martin and Bezděka, Martin and Beneš, Petr and Kotry, Matúš and Gora, Artur Wiktor and Damborský, Jiří and Sochor, Jiří},
   article_number = {18},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu364},
   keywords = {protein; visualization; tunnel; cavity},
   language = {eng},
   issn = {1367-4803},
   journal = {Bioinformatics},
   title = {CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures},
   volume = {30},
   year = {2014}
}

TY  - JOUR
ID  - 1184047
AU  - Kozlíková, Barbora - Šebestová, Eva - Šustr, Vilém - Brezovský, Jan - Strnad, Ondřej - Daniel, Lukáš - Bednář, David - Pavelka, Antonín - Manak, Martin - Bezděka, Martin - Beneš, Petr - Kotry, Matúš - Gora, Artur Wiktor - Damborský, Jiří - Sochor, Jiří
PY  - 2014
TI  - CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures
JF  - Bioinformatics
VL  - 30
IS  - 18
SP  - 2684-2685
EP  - 2684-2685
PB  - Oxford University Press
SN  - 13674803
KW  - protein
KW  - visualization
KW  - tunnel
KW  - cavity
N2  - The transport of ligands, ions or solvent molecules into proteins with buried binding sites or through the membrane is enabled by protein tunnels and channels. CAVER Analyst is a software tool for calculation, analysis and real-time visualization of access tunnels and channels in static and dynamic protein structures. It provides an intuitive graphic user interface for setting up the calculation and interactive exploration of identified tunnels/channels and their characteristics.
ER  -

KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Lukáš DANIEL, David BEDNÁŘ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Martin BEZDĚKA, Petr BENEŠ, Matúš KOTRY, Artur Wiktor GORA, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures. \textit{Bioinformatics}. Oxford University Press, 2014, roč.~30, č.~18, s.~2684-2685. ISSN~1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu364.

Podrobný výpis o publikaci