J 2014

MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Deepti JAISWAL, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL et. al.

Základní údaje

Originální název

MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes

Autoři

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka (203 Česká republika, domácí), Deepti JAISWAL (356 Indie, domácí), David SEHNAL (203 Česká republika, domácí), Crina-Maria IONESCU (642 Rumunsko, domácí), Stanislav GEIDL (203 Česká republika, domácí), Lukáš PRAVDA (203 Česká republika, domácí), Vladimír HORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Michaela WIMMEROVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford, UK, Oxford University Press, 2014, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 9.112

Kód RIV

RIV/00216224:14740/14:00075598

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

000339715000038

Klíčová slova anglicky

PROTEIN DATA-BANK; CRYSTAL-STRUCTURES; CRYSTALLOGRAPHY; INFORMATION; REFINEMENT; BIOLOGY; ARCHIVE; SERVER

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 25. 11. 2014 10:48, Martina Prášilová

Anotace

V originále

Structure validation has become a major issue in the structural biology community, and an essential step is checking the ligand structure. This paper introduces MotiveValidator, a web-based application for the validation of ligands and residues in PDB or PDBx/mmCIF format files provided by the user. Specifically, MotiveValidator is able to evaluate in a straightforward manner whether the ligand or residue being studied has a correct annotation (3-letter code), i.e. if it has the same topology and stereochemistry as the model ligand or residue with this annotation. If not, MotiveValidator explicitly describes the differences. MotiveValidator offers a user-friendly, interactive and platform-independent environment for validating structures obtained by any type of experiment. The results of the validation are presented in both tabular and graphical form, facilitating their interpretation. MotiveValidator can process thousands of ligands or residues in a single validation run that takes no more than a few minutes. MotiveValidator can be used for testing single structures, or the analysis of large sets of ligands or fragments prepared for binding site analysis, docking or virtual screening. MotiveValidator is freely available via the Internet at http://ncbr.muni.cz/MotiveValidator.

Návaznosti

ED1.1.00/02.0068, projekt VaV
Název: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.20.0042, projekt VaV
Název: Internacionalizace programu Strukturní biologie s důrazem na rozvoj nových směrů výzkumu
EE2.3.30.0009, projekt VaV
Název: Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci
LH13055, projekt VaV
Název: Multidisciplinární přístup k návrhu léčiv - Inhibice proteinů s návazností na cukry (Akronym: MADICA)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Multidisciplinární přístup k návrhu léčiv - Inhibice proteinů s návazností na sacharidy
MUNI/A/0855/2013, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace III. (Akronym: FI MAV III.)
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace III., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
286154, interní kód MU
Název: SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future (Akronym: SYLICA)
Investor: Evropská unie, SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future, Kapacity

Přiložené soubory

Koca_nar_gku426_full.pdf
Požádat o autorskou verzi souboru