KOZLÍKOVÁ, Barbora, Adam JURČÍK, Jan BYŠKA, Ondřej STRNAD a Jiří SOCHOR. Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations. In Dieter W. Fellner, Werner Hansmann, Werner Purgathofer, Francois Sillion. EG VCBM 2014 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Postfach, Germany: Eurographics Association, 2014. s. 97-106. ISBN 978-3-905674-62-0.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
Název česky Vizualizace pohybu tunelů v tunelech v rámci molekulové dynamiky
Autoři KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí), Adam JURČÍK (203 Česká republika, domácí), Jan BYŠKA (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí).
Vydání Postfach, Germany, EG VCBM 2014 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, od s. 97-106, 10 s. 2014.
Nakladatel Eurographics Association
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Německo
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/14:00076224
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-3-905674-62-0
ISSN 2070-5778
Klíčová slova anglicky protein; visualization; tunnel; animation; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: prof. Ing. Jiří Sochor, CSc., učo 2446. Změněno: 2. 4. 2015 15:23.
Anotace
Analysis and visualization of molecules and their structural features help biochemists and biologists to better understand protein behavior. Studying these structures in molecular dynamics simulations enhances this understanding. In this paper we introduce three approaches for animating specific inner pathways composed of an empty space between atoms, called tunnels. These tunnels facilitate the transport of small molecules, water solvent and ions in many proteins. They help researchers understand the structure-function relationships of proteins and the knowledge of tunnel properties improves the design of new inhibitors. Our methods are derived from selected tunnel representations when each stresses some of the important tunnel properties - width, shape, mapping of physico-chemical properties, etc. Our methods provide smooth animation of the movement of tunnels as they change their length and shape throughout the simulation.
Anotace česky
Analýza a vizualizace molekul a jejich strukturních vlastností umožňuje biochemikům a biologům lépe porozumět chování daného proteinu. Zkoumání těchto struktur v rámci molekulové dynamiky dále tyto znalosti prohlubuje. Článek prezentuje tři přístupy k animaci specifických cest uvnitř proteinu, nazývaných tunely. Tyto tunely umožnují průchod malých molekul, molekul vody a iontů skrz daný protein. Tunely slouží k lepšímu pochopení strukturně-funkčních vztahů proteinů a dále znalost jejich přítomnosti a vlastností pomáhá lépe navrhovat možné inhibitory. Naše nové metody jsou odvozeny z vybraných existujících reprezentaci tunel, kdy každá z nich je zaměřena na některé z důležitých vlastností tunelů - šířka, tvar, mapování fyziko-chemikálních vlastností, atd. Naše metody slouží k hladké animaci pohybu jednotlivých tunelů a umožňují pozorovat jejich změny v rámci dané simulace, jako je například jejich délka a tvar.
Návaznosti
MUNI/A/0915/2013, interní kód MUNázev: Výzkum FI ve vybraných oblastech aplikované informatiky (Akronym: FI_Apl_Inf_2014)
Investor: Masarykova univerzita, Výzkum FI ve vybraných oblastech aplikované informatiky, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 11:32