2014
Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
KOZLÍKOVÁ, Barbora; Adam JURČÍK; Jan BYŠKA; Ondřej STRNAD; Jiří SOCHOR et. al.Basic information
Original name
Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
Name in Czech
Vizualizace pohybu tunelů v tunelech v rámci molekulové dynamiky
Authors
KOZLÍKOVÁ, Barbora ORCID (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution); Adam JURČÍK (203 Czech Republic, belonging to the institution); Jan BYŠKA ORCID (203 Czech Republic, belonging to the institution); Ondřej STRNAD (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Jiří SOCHOR (203 Czech Republic, belonging to the institution)
Edition
Postfach, Germany, EG VCBM 2014 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, p. 97-106, 10 pp. 2014
Publisher
Eurographics Association
Other information
Language
English
Type of outcome
Proceedings paper
Field of Study
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher
Germany
Confidentiality degree
is not subject to a state or trade secret
Publication form
electronic version available online
RIV identification code
RIV/00216224:14330/14:00076224
Organization unit
Faculty of Informatics
ISBN
978-3-905674-62-0
ISSN
Keywords in English
protein; visualization; tunnel; animation; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
Tags
International impact, Reviewed
Changed: 2/4/2015 15:23, prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
In the original language
Analysis and visualization of molecules and their structural features help biochemists and biologists to better understand protein behavior. Studying these structures in molecular dynamics simulations enhances this understanding. In this paper we introduce three approaches for animating specific inner pathways composed of an empty space between atoms, called tunnels. These tunnels facilitate the transport of small molecules, water solvent and ions in many proteins. They help researchers understand the structure-function relationships of proteins and the knowledge of tunnel properties improves the design of new inhibitors. Our methods are derived from selected tunnel representations when each stresses some of the important tunnel properties - width, shape, mapping of physico-chemical properties, etc. Our methods provide smooth animation of the movement of tunnels as they change their length and shape throughout the simulation.
In Czech
Analýza a vizualizace molekul a jejich strukturních vlastností umožňuje biochemikům a biologům lépe porozumět chování daného proteinu. Zkoumání těchto struktur v rámci molekulové dynamiky dále tyto znalosti prohlubuje. Článek prezentuje tři přístupy k animaci specifických cest uvnitř proteinu, nazývaných tunely. Tyto tunely umožnují průchod malých molekul, molekul vody a iontů skrz daný protein. Tunely slouží k lepšímu pochopení strukturně-funkčních vztahů proteinů a dále znalost jejich přítomnosti a vlastností pomáhá lépe navrhovat možné inhibitory. Naše nové metody jsou odvozeny z vybraných existujících reprezentaci tunel, kdy každá z nich je zaměřena na některé z důležitých vlastností tunelů - šířka, tvar, mapování fyziko-chemikálních vlastností, atd. Naše metody slouží k hladké animaci pohybu jednotlivých tunelů a umožňují pozorovat jejich změny v rámci dané simulace, jako je například jejich délka a tvar.
Links
| MUNI/A/0915/2013, interní kód MU |
|