D 2014

Charakterizace ETA-fágů indukovaných z klinických kmenů Staphylococcus aureus

BOTKA, Tibor, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Petr PETRÁŠ and Ivana MACHOVÁ

Basic information

Original name

Charakterizace ETA-fágů indukovaných z klinických kmenů Staphylococcus aureus

Name in Czech

Charakterizace ETA-fágů indukovaných z klinických kmenů Staphylococcus aureus

Name (in English)

Characterization of ETA-phages induced from clinical Staphylococcus aureus strains

Authors

BOTKA, Tibor, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Petr PETRÁŠ and Ivana MACHOVÁ

Edition

Genetická konference GSGM 2014, p. 39, 2014

Other information

Type of outcome

Stať ve sborníku

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Publication form

printed version "print"

References:

Organization unit

Faculty of Science

Keywords (in Czech)

bakteriofág, exfoliativní toxin A, lyzogenní konverze, Staphylococcus aureus

Keywords in English

bacteriophage, exfoliative toxin A, lyzogenic conversion, Staphylococcus aureus
Změněno: 29/9/2014 12:52, Mgr. Tibor Botka, Ph.D.

Abstract

ORIG CZ

V originále

Úvod: Kmeny Staphylococcus aureus produkující exfoliativní toxin A (ETA) a B (ETB) jsou hlavními původci kožních puchýřnatých onemocnění, postihujících zejména novorozence a děti předškolního věku. Gen kódující ETA je součástí fágového genomu integrovaného do bakteriálního chromozomu. Profágy spolu s plazmidy a jinými mobilními DNA elementy významně přispívají k plasticitě genotypových a fenotypových vlastností patogenní bakterie. Horizontálním přenosem genu eta prostřednictvím profága může dojít ke konverzi ETA-negativního kmene na producenta exfoliatinu. Cílem naší práce byla charakterizace genomu eta-gen-pozitivních fágů čeledi Siphoviridae, izolovaných z klinických kmenů S. aureus, které byly původci rozsáhlých epidermolytických infekcí ve dvou českých porodnicích. Metody: Z indukovaných fágů byla izolována DNA a podrobena restrikční analýze a PCR genotypizaci. DNA jedinečných fágů byla sekvenována metodou 454-sekvenování a analyzována bioinformatickými nástroji. Byla provedena lyzogenizace netoxinogenního kmene SAU1039, RPLA a PFGE analýza. Výsledky: Genotypizační metodou PCR bylo detekováno několik specifických genů a následné porovnání s již známými bakteriofágy S. aureus potvrdilo vysokou heterogenitu jejich genomů. Restrikční profily fágových genomů se navzájem lišily v několika unikátních fragmentech. Sekvenční analýzou celých genomů byla potvrzena jedinečnost obou dosud nepopsaných fágů. Byly identifikovány genomické oblasti vzniklé rekombinací s eta-negativními typy fágů. Lyzogenizace netoxinogenního kmene S. aureus indukovanými fágy a následné PCR, PFGE a RPLA analýzy potvrdily jejich schopnost horizontálního přenosu genu eta a fenotypové konverze. Závěr: V této práci byly izolovány a charakterizovány dva unikátní ETA-konvertující bakteriofágy. Jejich genom byl kompletně osekvenován, popsán a porovnán s genomy dosud osekvenovaných fágů S. aureus. Mezi fágovými genomy byla pozorována vysoká heterogenita, způsobená i vlivem zjištěné rekombinace. Mezi získané vlastnosti lyzogenních kmenů patřila především produkce ETA, která byla potvrzena metodou RPLA. Tato studie základního výzkumu fágů přispívá k hlubšímu poznání ETA-pozitivních kmenů S. aureus. Poděkování: Tato práce byla financována s pomocí Interní grantové agentury Ministerstva zdravotnictví (NT12395-5/2011) a specifického výzkumu MUNI/A/0843/2012.

In Czech

Úvod: Kmeny Staphylococcus aureus produkující exfoliativní toxin A (ETA) a B (ETB) jsou hlavními původci kožních puchýřnatých onemocnění, postihujících zejména novorozence a děti předškolního věku. Gen kódující ETA je součástí fágového genomu integrovaného do bakteriálního chromozomu. Profágy spolu s plazmidy a jinými mobilními DNA elementy významně přispívají k plasticitě genotypových a fenotypových vlastností patogenní bakterie. Horizontálním přenosem genu eta prostřednictvím profága může dojít ke konverzi ETA-negativního kmene na producenta exfoliatinu. Cílem naší práce byla charakterizace genomu eta-gen-pozitivních fágů čeledi Siphoviridae, izolovaných z klinických kmenů S. aureus, které byly původci rozsáhlých epidermolytických infekcí ve dvou českých porodnicích. Metody: Z indukovaných fágů byla izolována DNA a podrobena restrikční analýze a PCR genotypizaci. DNA jedinečných fágů byla sekvenována metodou 454-sekvenování a analyzována bioinformatickými nástroji. Byla provedena lyzogenizace netoxinogenního kmene SAU1039, RPLA a PFGE analýza. Výsledky: Genotypizační metodou PCR bylo detekováno několik specifických genů a následné porovnání s již známými bakteriofágy S. aureus potvrdilo vysokou heterogenitu jejich genomů. Restrikční profily fágových genomů se navzájem lišily v několika unikátních fragmentech. Sekvenční analýzou celých genomů byla potvrzena jedinečnost obou dosud nepopsaných fágů. Byly identifikovány genomické oblasti vzniklé rekombinací s eta-negativními typy fágů. Lyzogenizace netoxinogenního kmene S. aureus indukovanými fágy a následné PCR, PFGE a RPLA analýzy potvrdily jejich schopnost horizontálního přenosu genu eta a fenotypové konverze. Závěr: V této práci byly izolovány a charakterizovány dva unikátní ETA-konvertující bakteriofágy. Jejich genom byl kompletně osekvenován, popsán a porovnán s genomy dosud osekvenovaných fágů S. aureus. Mezi fágovými genomy byla pozorována vysoká heterogenita, způsobená i vlivem zjištěné rekombinace. Mezi získané vlastnosti lyzogenních kmenů patřila především produkce ETA, která byla potvrzena metodou RPLA. Tato studie základního výzkumu fágů přispívá k hlubšímu poznání ETA-pozitivních kmenů S. aureus. Poděkování: Tato práce byla financována s pomocí Interní grantové agentury Ministerstva zdravotnictví (NT12395-5/2011) a specifického výzkumu MUNI/A/0843/2012.

Links

NT12395, research and development project
Name: Molekulární průkaz a analýza invazivních kmenů small colony variants (SCV) a rezistentních kmenů S. aureus od pacientů s cystickou fibrózou