J 2015

ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank

SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PRAVDA, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL et. al.

Základní údaje

Originální název

ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank

Autoři

SEHNAL, David (203 Česká republika, domácí), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Lukáš PRAVDA (203 Česká republika, domácí), Crina-Maria IONESCU (642 Rumunsko, domácí), Stanislav GEIDL (203 Česká republika, domácí), Vladimír HORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Deepti JAISWAL (356 Indie, domácí), Michaela WIMMEROVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Nucleic Acids Research, United Kingdom, Oxford University Press, 2015, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 9.202

Kód RIV

RIV/00216224:14310/15:00082165

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

UT WoS

000350210400057

Klíčová slova anglicky

chemical analysis; chemical structure; chirality; computer program; data analysis; data base; molecular model; process development; Protein Data Bank; systematic error; validation process; ValidatorDB

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 29. 3. 2016 11:26, Olga Křížová

Anotace

V originále

Following the discovery of serious errors in the structure of biomacromolecules, structure validation has become a key topic of research, especially for ligands and non-standard residues. ValidatorDB (freely available at http://ncbr.muni.cz/ValidatorDB) offers a new step in this direction, in the form of a database of validation results for all ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank (all molecules with seven or more heavy atoms). Model molecules from the wwPDB Chemical Component Dictionary are used as reference during validation. ValidatorDB covers the main aspects of validation of annotation, and additionally introduces several useful validation analyses. The most significant is the classification of chirality errors, allowing the user to distinguish between serious issues and minor inconsistencies. Other such analyses are able to report, for example, completely erroneous ligands, alternate conformations or complete identity with the model molecules. All results are systematically classified into categories, and statistical evaluations are performed. In addition to detailed validation reports for each molecule, ValidatorDB provides summaries of the validation results for the entire PDB, for sets of molecules sharing the same annotation (three-letter code) or the same PDB entry, and for user-defined selections of annotations or PDB entries.

Návaznosti

ED1.1.00/02.0068, projekt VaV
Název: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.20.0042, projekt VaV
Název: Internacionalizace programu Strukturní biologie s důrazem na rozvoj nových směrů výzkumu
EE2.3.30.0009, projekt VaV
Název: Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci
LH13055, projekt VaV
Název: Multidisciplinární přístup k návrhu léčiv - Inhibice proteinů s návazností na cukry (Akronym: MADICA)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Multidisciplinární přístup k návrhu léčiv - Inhibice proteinů s návazností na sacharidy
MUNI/A/0855/2013, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace III. (Akronym: FI MAV III.)
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace III., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
MUNI/A/1159/2014, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV.
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
286154, interní kód MU
Název: SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future (Akronym: SYLICA)
Investor: Evropská unie, SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future, Kapacity

Přiložené soubory

1206145_ValidatorDB_databse_of_up-to-date.pdf
Požádat o autorskou verzi souboru