2015
Analýza mikroRNA u pacientů s kolorektálním karcinomem s využitím sekvenování nové generace
VYCHYTILOVÁ, Petra, Zdeňka KOSAŘOVÁ, Lenka RADOVÁ, Milana ŠACHLOVÁ, Marek SVOBODA et. al.Základní údaje
Originální název
Analýza mikroRNA u pacientů s kolorektálním karcinomem s využitím sekvenování nové generace
Autoři
VYCHYTILOVÁ, Petra, Zdeňka KOSAŘOVÁ, Lenka RADOVÁ, Milana ŠACHLOVÁ, Marek SVOBODA, Rostislav VYZULA a Ondřej SLABÝ
Vydání
XXXIX. brněnské onkologické dny a XXIX. konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky, Brno, 2015
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
30200 3.2 Clinical medicine
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
Klíčová slova česky
kolorektální karcinom; sekvenování nové generace; miRNA
Změněno: 14. 4. 2015 09:22, Mgr. Petra Vychytilová, Ph.D.
Anotace
V originále
Východiska: Kolorektální karcinom (CRC) patří mezi nejčastější nádorová onemocnění v České republice a je druhou nejčastější příčinou nádorových úmrtí v západních zemích. Přestože v současné době existuje řada preventivních programů usilujících o snížení incidence a následně i mortality, nemá výskyt CRC dosud klesající tendenci a vyléčit se daří pouze 35-40 % nemocných. Hlavní příčinou těchto neuspokojivých výsledků je neexistence vhodných metod či biomarkerů pro diagnostiku časných stádií CRC, která jsou dobře léčitelná. Z těchto důvodů je nezbytné nalézt nové biomarkery, které by umožnily časnou detekci CRC a zároveň by byly vysoce specifické. Jedním z nejmodernějších přístupů molekulární charakterizace solidních nádorů je analýza mikroRNA (miRNA). MiRNA jsou krátké nekódující RNA, jež mají potenciál post transkripčně regulovat expresi až 50 % lidských genů. Hrají tak důležitou roli v mnoha biologických procesech, jakými jsou proliferace, buněčný cyklus, apoptóza či invazivita. Mnohé studie opakovaně prokázaly jejich deregulovanou expresi nejen v nádorové tkáni, ale rovněž v krevním séru či plazmě, což poukazuje na jejich možné využití pro časnou diagnostiku či určení prognózy a léčebné odpovědi pacientů s CRC. Soubor pacientů a metody: V rámci studie byla analyzována exprese miRNA u 3 párových vzorků nádorové tkáně a nenádorové střevní sliznice a dále u 45 sér od zdravých dárců a 45 sér od důkladně klinicky charakterizovaných pacientů s CRC s využitím sekvenování nové generace. Ze vzorků byla izolována celková RNA obohacená o frakci krátkých RNA (miRNeasy Serum/Plasma kit, Qiagen), byla změřena koncentrace a čistota získané RNA (NanoDrop ND-1000) a rovněž její kvalita (Agilent Bioanalyzer 2100). Získaná RNA byla zakoncentrována pomocí ethanolové precipitace a následně byla provedena ligace adaptorů, reverzní transkripce, PCR amplifikace a gelová purifikace (TruSeq Small RNA Sample Prep Kit, Illumina). Takto připravená DNA knihovna byla podrobena hlubokému sekvenování s využitím systému MiSeq (Illumina) a získaná data byla analyzována pomocí standardních i vícedimenzionálních biostatistických metod. Výsledky: Výsledky studie budou součástí sdělení. Závěr: Expresní profilování miRNA přítomných v krevním séru či plazmě patří mezi moderní přístupy identifikace biomarkerů pro časnou diagnózu nádorových onemocnění a určení prognózy či léčebné odpovědi pacientů. Sekvenování nové generace umožňuje nejen analýzu deregulovaných miRNA, ale též identifikaci nových miRNA a jejich izoforem.
Návaznosti
| NT13549, projekt VaV |
|