Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural
Amino Acid Fluorescence.

J 2015

Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence.

AMARO, M., Jan BREZOVSKÝ, Silvia KOVÁČOVÁ, J. SYKORA, David BEDNÁŘ et. al.

Základní údaje

Originální název

Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence.

Autoři

AMARO, M. (620 Portugalsko), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Silvia KOVÁČOVÁ (703 Slovensko, domácí), J. SYKORA (203 Česká republika), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí), Václav NĚMEC (203 Česká republika, domácí), Veronika LIŠKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Nagendra Prasad KURUMBANG (524 Nepál, domácí), Koen BEERENS (56 Belgie, domácí), Radka CHALOUPKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Kamil PARUCH (203 Česká republika, domácí), Martina HOF (276 Německo) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Journal of the American Chemical Society, 2015, 0002-7863

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 13.038

Kód RIV

RIV/00216224:14310/15:00080814

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

http://dx.doi.org/10.1021/jacs.5b01681

UT WoS

000353606700029

Klíčová slova anglicky

dehalogenases;fluorescence spectroscopy;molecular dynamics simulations

Štítky

AKR, rivok

Změněno: 21. 3. 2017 07:53, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Anotace

V originále

Hydration of proteins profoundly affects their functions. We describe a simple and general method for site-specific analysis of protein hydration based on the in vivo incorporation of fluorescent unnatural amino acids and their analysis by steady-state fluorescence spectroscopy. Using this method, we investigate the hydration of functionally important regions of dehalogenases. The experimental results are compared to findings from molecular dynamics simulations.

Návaznosti

EE2.3.30.0037, projekt VaV

Název: Zaměstnáním nejlepších mladých vědců k rozvoji mezinárodní spolupráce

GAP207/12/0775, projekt VaV

Název: Strukturně-funkční vztahy haloalkan dehalogenas

Investor: Grantová agentura ČR, Structure-functional Relationships of Haloalkane Dehalogenases

LM2010005, projekt VaV

Název: Velká infrastruktura CESNET (Akronym: VI CESNET)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velká infrastruktura CESNET

LO1214, projekt VaV

Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí

Citovat

AMARO, M., Jan BREZOVSKÝ, Silvia KOVÁČOVÁ, J. SYKORA, David BEDNÁŘ, Václav NĚMEC, Veronika LIŠKOVÁ, Nagendra Prasad KURUMBANG, Koen BEERENS, Radka CHALOUPKOVÁ, Kamil PARUCH, Martina HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence. Journal of the American Chemical Society. 2015, roč. 137, č. 15, s. 4988-4992. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacs.5b01681.

@article{1300082,
   author = {Amaro, M. and Brezovský, Jan and Kováčová, Silvia and Sykora, J. and Bednář, David and Němec, Václav and Lišková, Veronika and Kurumbang, Nagendra Prasad and Beerens, Koen and Chaloupková, Radka and Paruch, Kamil and Hof, Martina and Damborský, Jiří},
   article_number = {15},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1021/jacs.5b01681},
   keywords = {dehalogenases;fluorescence spectroscopy;molecular dynamics simulations},
   language = {eng},
   issn = {0002-7863},
   journal = {Journal of the American Chemical Society},
   title = {Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence.},
   url = {http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/wp-content/uploads/2015/04/jacs15.pdf},
   volume = {137},
   year = {2015}
}

TY  - JOUR
ID  - 1300082
AU  - Amaro, M. - Brezovský, Jan - Kováčová, Silvia - Sykora, J. - Bednář, David - Němec, Václav - Lišková, Veronika - Kurumbang, Nagendra Prasad - Beerens, Koen - Chaloupková, Radka - Paruch, Kamil - Hof, Martina - Damborský, Jiří
PY  - 2015
TI  - Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence.
JF  - Journal of the American Chemical Society
VL  - 137
IS  - 15
SP  - 4988-4992
EP  - 4988-4992
SN  - 00027863
KW  - dehalogenases;fluorescence spectroscopy;molecular dynamics simulations
UR  - http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/wp-content/uploads/2015/04/jacs15.pdf
L2  - http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/wp-content/uploads/2015/04/jacs15.pdf
N2  - Hydration of proteins profoundly affects their functions. We describe a simple and general method for site-specific analysis of protein hydration based on the in vivo incorporation of fluorescent unnatural amino acids and their analysis by steady-state fluorescence spectroscopy. Using this method, we investigate the hydration of functionally important regions of dehalogenases. The experimental results are compared to findings from molecular dynamics simulations.
ER  -

AMARO, M., Jan BREZOVSKÝ, Silvia KOVÁČOVÁ, J. SYKORA, David BEDNÁŘ, Václav NĚMEC, Veronika LIŠKOVÁ, Nagendra Prasad KURUMBANG, Koen BEERENS, Radka CHALOUPKOVÁ, Kamil PARUCH, Martina HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence. \textit{Journal of the American Chemical Society}. 2015, roč.~137, č.~15, s.~4988-4992. ISSN~0002-7863. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacs.5b01681.

Podrobný výpis o publikaci